泌尿系统由肾、输尿管、膀胱和尿道组成，按照结石在泌尿系统的位置，尿路结石可以分为上尿路结石和下尿路结石，上尿路结石包括肾结石和输尿管结石、下尿路结石包括膀胱结石和尿道结石。尿路结石的治疗方法有口服药物排石治疗，体外冲击波碎石治疗，内腔镜手术治疗和开放手术治疗等，需要根据结石的大小、结石所在尿路的位置、是否合并梗阻及感染以及患者一般状况等因素综合考虑。
直径＜0.6cm的结石位于肾内，可以口服药物治疗，通过口服排石药物，如复方金钱草颗粒或八正胶囊等，可以明显的增加结石的排出率。如结石直径在0.6-1cm之间时，可以采用体外冲击波碎石治疗，可以将结石准确定位，多数结石可以通过体外冲击波碎石将结石打碎，有利于排出体外。如结石＞1cm以上需要做输尿管软镜治疗，可以将结石打碎，用套石篮取出。
输尿管小结石，一般推荐1周后复查。输尿管小结石，通过吃排石药物，多喝水，适当运动，一般在1周内有希望自己排出体外。建议在吃药期间一定要观察每次排出的尿里是否有结石，在排石的过程中可能会有尿道异物感，结石出后，腰背部胀痛会缓解。如果有排石，应该早期到医院复查。如果没有排石的感觉，建议1周后复查B超，观察结石是否排出，如果没有排出，就要做进一步的处理。
有输尿管上段结石的患者可以跑步，跑步对结石的下移有帮助。结石移动的过程会导致疼痛加重，结石卡在输尿管，有可能导致积水进一步加重，建议有输尿管结石时一定要通过B超检查，确定结石的位置、结石的大小、结石的数量，然后再决定怎样处理结石。如果结石直径小于0.5cm以下，跑步后有可能将结石排出体外。如果结石大于0.6厘米，跑步将结石排出的可能性并不大，患者应该减少运动，通过体外震波碎石或者输尿管镜钬激光结石，将结石击碎排出体外。
肾脏泥沙样结石不严重，经过多饮水和适当活动，可以自行排出。肾脏泥沙样结石是指于肾脏形成的多发的沙粒样的小结晶，是肾结石形成的早期阶段。如果继续发展，逐渐形成结石。对于肾泥沙样结石，通过多饮水并适当增加活动，可以有效防止结石的形成，并促使其及时排出体外，因此对人体没有影响，但肾泥沙样结石的存在强烈提示形成肾结石的风险，需加以预防。
肾内结石是否可以碎石，有碎石的指征，对于肾内结石如果结石直径小于2cm，大于6mm以上，可以尝试做体外震波碎石。体外震波碎石的原理，就是通过体外冲击波将能量聚集在结石上，将结石击碎，然后再排出体外。如果身体合并有其它的基础疾病，比如有凝血机能异常，妊娠，严重心脑血管病，有感染，肾脏远端有梗阻，有肾动脉瘤，这种情况不建议体外震波碎石。
有输尿管结石可以引起腹胀。输尿管结石在排出的过程中常可引起输尿管强烈的痉挛，导致腹部出现剧烈的疼痛，临床上称为肾绞痛。由于支配输尿管和胃肠道的神经位于脊髓的相同节段，所以肾绞痛发作时常同时伴有消化系统的症状，如恶心、呕吐、腹胀等，个别输尿管结石的患者甚至仅可表现为消化道症状。通过治疗缓解肾绞痛后，尽管输尿管结石尚未排出，腹胀也会随之缓解。
结石一般不会影响射精。结石主要就是在男性的泌尿系统，而射精主要就是男性的生殖系统。结石对男性的精子没有直接影响，对男性的射精反射活动也没有直接的影响。在结石发作期，可能会导致患者有尿频尿急尿痛，甚至排血尿，这种情况有可能导致患者的性欲降低，不愿意性交。只要结石没有发作，患者的精神状况好，就可以完成正常的射精行为。
有尿道结石，促进脱落最好的办法就是多喝水，多排尿，每次都排尿量要多，这样才可以有一种冲力将结石冲洗出。但是有一个前提条件，就是结石不能太大，结石直径小于0.5厘米，使用这种方法最有效。结石太大超过尿道的最大直径，就很难冲洗出，必须借助其他的办法，比如通过尿道镜直接钬激光碎石，或者用尿道探条推入膀胱。
膀胱结石有原发和继发两种情况，原发的膀胱结石常见于排尿梗阻、排尿不畅、膀胱残余尿增多，尿液在膀胱内停留时间过长，逐渐形成结晶，积累下来后变成小结石。膀胱结石可以是单发大结石，也可以是多发结石，例如最常见的男性前列腺增生、神经源性膀胱等等。继发膀胱结石往往是由肾结石或输尿管结石进入膀胱以后形成，这种病人常常有腰痛发作的病史，结石进入膀胱未及时排出，逐渐生长、增多。
有输尿管结石的患者可以吃苹果，对苹果没有明显的禁忌要求。苹果的主要成分就是维生素、水分、纤维素，吃苹果不会导致结石的发病率增加。对于输尿管结石的患者，饮食上应该引起特别的重视，不当的饮食有可能导致结石的发病率增加。所有的结石患者，推荐多吃各种新鲜的青菜、水果为主，多喝水，避免结石更快的增大，也可以促进结石的排出。一定要控制各种动物内脏、要控制菠菜、豆制品、高钙饮食的摄入量，增加一些膳食纤维素的摄入量。
有胆囊结石和胆囊炎的患者，在饮食上面一般需要注意少吃油腻、高胆固醇的食物，是因为摄入油腻食物可以引起胆囊明显的收缩而引起胆绞痛，胆固醇含量高的食物可以使胆囊内的胆固醇结石进一步的增多，因此胆囊结石的病人的饮食应该比较清淡、少油、少胆固醇。如果胆囊结石出现过胆绞痛，胆绞痛发作可能会反复出现，这种情况下建议行腹腔镜胆囊切除术。
泌尿道结石有肾结石，输尿管结石，膀胱结石，不同部位结石，不同的手术方式，手术后恢复时间不一样。肾结石，经皮肾镜手术，完全恢复正常需要2-4周不等。输尿管软镜钬激光碎石，一般1-2周就恢复正常。开放性手术，可能需要2周以后恢复正常。输尿管结石，一般手术后1周就恢复正常。膀胱结石经尿道膀胱镜碎石手术，手术后3天就恢复正常。
输尿管下段结石，建议吃排石药、消炎药、扩管药。排石药推荐排石颗粒，肾石通，尿石痛，金钱草颗粒等。消炎药推荐吃左氧氟沙星，环丙沙星，克拉霉素，头孢地尼等。扩管药推荐吃654-2，坦洛新等。吃药有可能将输尿管扩开，溶石，消炎，利尿，将结石排出体外，建议如果结石直径小于0.5cm，药物排石效果比较好。如果结石直径在0.8cm以下，大约10%的患者可能自己排出结石。大于0.8cm建议体外震波碎石。
泌尿系结石分为上尿路结石以及下尿路结石，上尿路结石包括肾输尿管结石，下尿路结石包括膀胱和尿道结石。上尿路结石可以掉到下尿路，肾结石掉到输尿管结石，可以引起突发的肾绞痛，疼痛的性质难以忍受，可以向下腹部、盆腔、会阴、阴囊、阴唇、睾丸放射。也会引起血尿伴有感染，可出现尿急、尿频、尿痛的临床表现，对于这种疼痛通常可以采用解痉、止疼、促排石的药物治疗。肾绞痛的这种疼痛并非经常出现，可以表现为间断性的发作，主要是因为结石的活动所造成的。因此在临床上如果治疗效果不好，可以采取体外碎石或者手术的治疗，
结石性胆囊炎的非手术疗法有：1.采用胆汁酸进行口服药物溶解治疗。2.经皮胆囊造口术取石。3.经皮或经鼻局部溶剂溶解治疗。4.体外震波碎石（ESWL）。目前只有口服药物溶解治疗和经皮胆囊造口术取石是一部分病人的可行治疗选择。其它两种方法由于成本高、需要复杂装置而不在使用。对于仔细选出的症状性胆石病病人，若治疗只是为了消除结石或降低症状复发和发生进一步并发症的风险，口服药物溶解治疗和经皮胆囊造口术加取石是另一种非外科治疗方法。胆汁酸，如熊去氧胆酸，可用于胆固醇结石的治疗。但应符合下列条件：1.小结石（小于cm），通过超声或口服法胆囊造影确定有较大结石可能会溶解的，但需要治疗多年，对于手术风险过高的病人可以考虑。2.单纯性胆石病的症状较轻。3.胆囊管通畅。4.胆囊黏膜浓缩功能较好，以便于进入胆囊的胆汁酸浓缩，从而可以溶解胆固醇。5.结石钙化程度极低和胆固醇浓度较高。
尿道结石的治疗应根据尿道结石的大小、形态、部位，尿道局部病变以及有无并发症等情况决定，可以采用自行排石、尿道内注入麻醉润滑剂协助排石、尿道内原位或推入膀胱内型腔内碎石，或开放性的切开取石等多种方法。对于新进入尿道较小的尿道结石，结石有自行排出的可能，或者经尿道注入利多卡因凝胶及其它润滑剂，将结石挤出。前尿道的结石可以经止血钳夹出，但切忌粗暴操作。后尿道的结石可先推至膀胱再行碎石治疗，如果结石过大，固定于后尿道不能推入膀胱，则考虑行内镜下经尿道的钬激光碎石术，具有损伤小、成功率高、并发症少的优点。开放性的手术仅适用于合并有尿道憩室，尿道狭窄、脓肿，尿道瘘等尿道、生殖道解剖异常的病例，以及医疗条件较差，无法实施腔内技术的地区。
输尿管中段结石可以排出的时间与结石的大小有关，如果结石直径小于0.5cm，一般1周左右有希望排出体外。如果结石直径大于0.5cm以上，自己排出的可能性很小，需要通过其他的处理措施才可以排出体外，行体外振波碎石可能需要1周左右排出，行输尿管镜钬激光碎石，碎石后可以将结石当时冲洗出。建议输尿管中段有结石的患者首先应该多喝水，多排尿，适当的跑步，吃排石颗粒，这样有希望将结石排出体外；在排石的过程中会有疼痛，疼痛发生时可以使用止痛药物。
输尿管末端结石可以行体外振波碎石，也可以自己排石或进行手术治疗，一般应该根据结石大小，输尿管扩张的情况，肾积水的程度决定治疗方式。如果结石直接小于0.5厘米，就以自己吃药排石为主。如果结石直径小于1.5厘米，行体外振波碎石效果比较好，很快就可以排出结石。如果结石直径大于1.5厘米，可能结石堵塞时间久，结石下方可能有肉芽组织，结石上方有积水，行输尿管镜钬激光碎石效果最好。
肾上打结石，一般需要休息3天。肾上打结石，就是体外振波碎石，虽然创伤比较小，但是也有创伤，有可能出现严重血尿、发热、石街形成，严重情况可能出现肾周围血肿。手术后应该多休息，多喝水，密切观察是否有严重的出血，是否出现发热，腰部剧烈的疼痛等。碎石后，不能剧烈运动。碎石后一定要多喝水，吃消炎药物。如果观察3天，没有特别异常可以正常上班。