双侧卵巢囊肿通常进行手术治疗比较好。
双侧卵巢囊肿患者比较年轻或者年龄在停经之前，可以采用卵巢囊肿切除术来保存卵巢组织。如果无月经异常或无怀孕的情况，只有一方卵巢囊肿较为显著，可采用患侧卵巢囊肿剥除术。
如果是高龄患者或者是绝经后的女性，并且卵巢囊肿太大，对患侧的卵巢造成了很大的压力，而彩超没有发现有正常的卵巢组织，就需要做输卵管卵巢切除术。
卵巢囊肿以手术治疗为主，卵巢囊肿分为肿瘤性和非肿瘤性两类，其中，与非肿瘤性的种类，分为生理性和病理性的两种类型。对于生理性的卵巢囊肿，可以不必治疗，定期观察即可。对于直径小于五厘米的病理性的卵巢囊肿，使用药物治疗或是物理疗法。直径大于五厘米的卵巢囊肿需要手术治疗。卵巢的恶性肿瘤，及时采用彻底的手术治疗的方法。
在手术之后可以适当多吃富含蛋白质的食物，比如鸡蛋、牛奶等，也可以适当多吃一些阿胶、红糖、红枣、当归等，具有补气养血的功效，可以调理补充，身体所需要的营养。还可以吃乌鸡汤、鲫鱼汤、猪蹄汤、排骨汤等。
如果患者存在有卵巢囊肿的情况，进行了手术切除治疗可能会使气血丢失，可能会出现头晕、乏力等气血亏虚的现象。
卵巢囊肿是女性比较常见的一种良性肿瘤，绝大部分的卵巢囊肿都是良性的，对于卵巢囊肿的治疗可以使用中药来治疗。可以服用消肿散热的中药。在使用药物治疗之后要休息定期去复查。
卵巢囊肿是女性常见的疾病，通常和激素水平或者炎症有关系。卵巢囊肿在临床上症状多表现有小腹疼痛、小腹不适、白带增多、白带色黄、白带异味、月经失常，而且通常小腹内有一个坚实而无痛的肿块，有时性交会发生疼痛。较大的囊肿会对膀胱附近造成压迫，引起尿频和排尿困难。一般大于5公分需要手术治疗，五公分一下保守治疗，炎症引起的抗炎治疗后会消失的，一般问题不大，属良性的。