阴茎短小是有一定的诊断标准的：成年男性疲软时阴茎长度小于4cm，勃起时长度小于8cm，同时对性生活造成影响。造成阴茎短小的原因包括遗传因素、肥胖、雄性激素分泌下降、营养状况不良等，可以根据这些不同的病因采取不同的处理方案。比如加强营养、外源性补充雄激素（口服十一酸睾丸酮等）、减肥等。对于一些存在生殖器畸形导致的阴茎短小患者，就需要采取阴茎整形延长手术。
引起阴茎短小的原因主要是阴茎先天性的发育不良，包括包茎，隐匿性阴茎。也有可能是由于海绵体的病变导致海绵体萎缩，海绵体硬化，出现阴茎短小。这种情况多见于阴茎外伤，或者是高血压糖尿病的患者。如果是隐匿性阴茎和包颈，可以通过做手术治疗使阴茎增大增长的。如果存在海绵体萎缩的情况，通过阴茎血流多普勒的检查可以明确诊断，然后口服11酸睾酮胶囊，红景天胶囊促进海绵体的生长，可以使阴茎增大。
隐匿性阴茎术效果是不错的，手术结束后大部分患儿可以被治愈，不会留下什么后遗症。手术建议到公立医院进行，该类医院的医疗设备比较齐全，这样治疗效果也会较有保障些。隐匿阴茎的形成是因为肉膜发育异常而导致的一种先天性畸形。阴茎体缩藏于体内，凸出外面的只有小包皮等是该疾病比较多见的症状。手术治疗后要注意做好伤口的护理，出现发炎及时就医处理。
性功能障碍的原因有很多的，大致可分为精神心理因素、生物因素、社会因素三类。精神心理因素包括夫妻关系是否紧张、社会工作生活是否造成压力、以往性生活或性经历是否有不愉快的影响、存在错误或不科学的性观念等。生物因素包括年龄、身体健康状况、内分泌性激素是否紊乱、是否存在高血压、糖尿病或高血脂等慢性病、是否存在生殖器官病变、是否有长期吸烟、吸毒或酗酒不良行为等。社会因素包括传统的文化观念或宗教信仰、性生活偏见或当地风俗等对性生活造成的不良影响。
背神经阻断术是治疗男性早泄的手术方法之一。学术界对此评判不一，疗效不肯定，不是早泄治疗的首选治疗。不是所有类型的早泄都可以通过该手术起到治疗效果，在临床上仅用于确定为皮肤感觉神经过敏的患者。如果手术操作不当，还有可能造成阴茎永久性的勃起功能障碍，对男性的性功能造成难以恢复的损伤。早泄的首选治疗为药物治疗，不是手术治疗。
引起小阴茎的原因是很多的，首先是由于雄激素水平不足，先天性的性腺功能发育不全引起的。这个可以通过抽血化验雄激素的水平出现腺激素的水平来明确诊断，如果确实有问题可以口服十一酸睾酮胶囊补充治疗三到六个月，能够促进阴茎的生长发育。其次，海绵体的萎缩也会导致阴茎短小，可以口服红景天胶囊治疗半年以上，促进海绵体的生长，能够使阴茎增大。
通常说的功能性障碍，其实是相对于器质性障碍来说的。通常的功能性障碍，是找不到有器质性病变的，但是会有一些临床症状。比如抑郁症，精神分裂症，焦虑症，儿童的一些精神障碍。这些疾病主要是一些精神行为异常，言语异常，思维的异常，从而影响了患者的社会功能。但是做了具体的躯体检查，却并没有器质性的病变部位导致。
关于性功能障碍的检查包括一般检查和特殊检查。一般检查有血常规、尿常规、肝功、肾功、血糖、血脂、内分泌性激素等，还有前列腺液常规、精液常规等检查项目。特殊检查有阴茎血管彩超和血流动力学检测、阴茎背神经和龟头敏感度检测、阴茎海绵体造影、阴茎勃起硬度测试、夜间阴茎勃起功能测试，还有阴茎海绵体注射血管活性药物试验等。
男性性功能障碍主要包括了勃起功能障碍和早泄，其它的比如阴茎异常勃起、不射精、逆行射精分泌等相对少见。针对勃起功能障碍及早泄的检查主要包括了血清性激素测定、夜间勃起试验（NPT）、视听性刺激阴茎勃起试验（AVSS）、阴茎海绵体血管活性药物注射试验（ICI）、阴茎血流多普勒超声（CDDU）、阴茎龟头敏感性测定等。以上这些检查需要根据具体的情况选择使用。
射精无力多是由于肾虚引起的，肾虚又分为肾阳虚，肾阴虚，肾气虚。肾阳虚主要表现为射精无力，腰膝酸软，怕冷，大便不成形，常用的中药为右归胶囊，复方玄驹胶囊等。肾阴虚主要表现是射精无力，伴有口干，汗多，腰膝酸软等，选用的中药为六味地黄丸或左归丸。肾气虚主要表现是射精无力，伴有气短乏力，腰膝酸软等，选用的药物为金匮肾气丸或八味地黄丸等。
并不是所有再生障碍性贫血患者都需要做骨髓移植。一般来说，对于小于40岁，没有明显的并发症，有HLA相合供者的重型再生障碍性贫血，应尽早进行异基因骨髓移植。而对于年龄大于40岁，或没有HLA相合供者的重型再生障碍性贫血，首选抗淋巴细胞球蛋白或抗胸腺细胞球蛋白联合环孢素强化免疫抑制治疗。对于非重型再生障碍性贫血，可以采用雄激素治疗，雄激素包括司坦唑醇，羟甲烯龙，丙酸睾酮，十一酸睾酮，达那唑等。再障患者还可以使用造血细胞因子联合治疗，如重组人EPO，重组人集落刺激因子等。
治疗性功能的药物和其他大多数的药物一样有治疗作用，同样也是有一定副作用的。治疗勃起功能障碍的5-型磷酸二酯酶抑制剂可能导致头晕头痛、腹泻、阴茎异常勃起等。治疗早泄的5-羟色胺再摄取抑制剂，属于具有抗焦虑的精神病类药物，它可以导致头晕头痛、心悸恶心、嗜睡、不射精、低血压等。当然，以上这些副作用基本是很轻微的。所以，目前临床上常常使用的这些药物总体安全性还是很高的。
性功能障碍存在广义和狭义之分。医学上的性功能障碍包括了勃起功能障碍、阴茎阴茎异常勃起、早泄、不射精、逆行射精等，狭义的概念主要是指勃起功能障碍和早泄。针对这两种疾病的西药主要有西地那非、伐地那非、他达拉非、盐酸达泊西汀、盐酸舍曲林、盐酸帕罗西汀、复方利多卡因乳膏、十一酸睾酮等，这些药各有其治疗作用和使用方法。临床上这两种疾病常常同时兼有，所以很多药可以根据治疗特点联合使用。
中医治疗性功能障碍主要是辩证治疗，根据不同的证型可选用不同的中药进行治疗，常见的中医证型包括肾阴虚、肾阳虚、肝郁证、血瘀证、湿热下注等。无论何种证型，在临床治疗时都会选一些补肾疏肝，活血化瘀类药物，如肉苁蓉、巴戟天、水蛭、川断、牛膝、青皮、柴胡、熟地黄、枸杞子、五味子等，临床中，虫类药物是治疗性功能障碍常用的中药，因为此类药活血化瘀的功效比较好，建议在医生的指导下用药进行治疗。此外常用的中成药包括复方玄驹胶囊，苁蓉益肾颗粒或右归胶囊。
男性性功能障碍的确诊主要是依靠临床症状。如果阴茎勃起不坚硬、无法勃起、勃起后中途疲软持续三个月以上，就可以诊断为勃起功能障碍，临床上得各种检查手段主要是用于区别勃起功能障碍原因，包括区分是心理性因素还是器质性因素，区分是内分泌性因素还是血管神经因素。早泄的诊断更是自身主观症状的判断，表现为性生活时间短，射精潜伏期缩短，不能得到满意的性生活，持续三个月以上，其它的相关检查只能是用于判断引起早泄的可能原因。
射精无力一般来说是由于慢性的前腺炎，慢性精囊炎引起的症状，通常和久坐、憋尿、饮食辛辣刺激，性生活频繁都是有一定关系的，只要能够改善不良的生活习惯，慢慢也是能够恢复的，但是最好是能够进一步的检查包括前列腺液常规，精液常规，前列腺超声检查明确诊断。然后口服一些抗炎的药物，比如前列安通片，癃清片，三金片治疗两到三周能够帮助缓解射精无力的症状。
应激性障碍主要就是患者受到外界强烈的刺激，导致出现了严重的精神异常，比如有些患者会表现为行为异常、思维异常。如患者表现为又唱又跳，说一些难以理解的言语或者做一些怪异的动作，而有些患者主要是以情绪异常为主要的表现，比如出现抑郁，焦虑，恐惧，害怕的表现。但这个疾病一般经过及时的系统治疗，愈后都是很好的。
阴茎短小的患者首先应明确是小阴茎还是隐匿性阴茎或者是肥胖型阴茎，如果是隐匿性阴茎的话，需要行阴茎成型手术。如果是小阴茎，患者需要化验激素，如果激素水平低，先要补充激素促进阴茎的发育，暂时不需要手进行手术治疗。如果是药物治疗无效，小阴茎的患者可以选择行阴茎延长增粗手术。如果是患儿肥胖造成的阴茎短小，可以先让患儿控制体重、减肥，多数是不需要行手术治疗的。如果是由于包茎造成的阴茎短小，可以行包皮环切手术。
做过阴茎背神经阻断手术，是不能达到恢复的目的。它是一种不可逆的手术，也就是将神经切断损伤以后不能再生。所以在做阴茎背神经阻断手术前，一定要充分考虑到此种风险，需要仔细权衡利弊。手术以后可能会造成有阴茎局部麻木、疼痛、或者感觉完全丧失的风险。目前尚不推荐对于继发性的早泄的患者使用此种手术进行治疗，先以药物治疗为主。
阴茎背神经阻断术大概的费用在5000-8000元左右。包括术前检查的费用，手术的费用以及手术之后恢复的费用。由于地区和医院级别的差异，所需要的费用也会有所区别，但是差别不大。术前检查的费用包括血常规、尿常规、凝血常规、心电图等。术后恢复的费用包括抗菌消炎药物、换药的费用等。阴茎背神经阻断术存在严格的适应症，主要应用于早泄的患者当中。