功能性闭经的治疗方法有手术。
子宫性的病因有子宫内膜炎、子宫内膜损伤、子宫发育不全，建议可以通过子宫切除手术、宫腔内放疗等方式进行治疗。卵巢功能不正常引起的闭经，主要是因为性染色体异常，或者是单纯的卵巢发育不全。还有卵巢的功能肿瘤。引起闭经是因为垂体疾病引起的荷尔蒙水平的改变。因此，有闭经的症状一定要先检查一下病因。
功能性闭经可以使用活血化瘀药物进行治疗，保持阴部清洁卫生，精神放松，生活规律，保证充足睡眠，不要受凉，不要吃垃圾食品，通过子宫内膜厚度监测或相关性激素测定可以配合吃药物。
功能性闭经可以在医生的指导下用药，可以去医院中医科进行辩证治疗的。以及活血化瘀药物进行治疗。保持阴部清洁卫生，精神放松，生活规律，保证充足睡眠，不要受凉，不要吃垃圾食品。
下丘脑性闭经是闭经当中最复杂的一种。除了治疗相应的原发病因以外，根据病者体内的雌激素水平和是否生育的要求，可以采取治疗。如果有生育要求，应该积极的诱导排卵，可以使用氯米芬促性腺激素，如果对无生育的雌激素水平低下的下丘脑性闭经，主要是以补充性激素为主。另外还可以用中医的疗法，中医是用补肾和活血来治疗下丘脑性闭经。治疗血虚、肾亏所引起的闭经，可以使用食物汤，或者根据症状的加减来进行治疗。
功能性下丘脑性闭经的治疗，应该是首选诱导排卵法，或者用尿促性素（HMG）治疗，但仅用于下丘脑GNRH分泌异常，而垂体和卵巢有正常反应的闭经者，给药必须模拟生理性的释放形式，断续的，脉冲式的静脉或皮下注射制药，其次，可用中药治疗，中医养阴补肾与活血补肾法。