下丘脑性闭经是闭经当中最复杂的一种。除了治疗相应的原发病因以外，根据病者体内的雌激素水平和是否生育的要求，可以采取治疗。如果有生育要求，应该积极的诱导排卵，可以使用氯米芬促性腺激素，如果对无生育的雌激素水平低下的下丘脑性闭经，主要是以补充性激素为主。另外还可以用中医的疗法，中医是用补肾和活血来治疗下丘脑性闭经。治疗血虚、肾亏所引起的闭经，可以使用食物汤，或者根据症状的加减来进行治疗。
功能性闭经可以使用活血化瘀药物进行治疗，保持阴部清洁卫生，精神放松，生活规律，保证充足睡眠，不要受凉，不要吃垃圾食品，通过子宫内膜厚度监测或相关性激素测定可以配合吃药物。
功能性闭经的治疗方法有手术。
子宫性的病因有子宫内膜炎、子宫内膜损伤、子宫发育不全，建议可以通过子宫切除手术、宫腔内放疗等方式进行治疗。卵巢功能不正常引起的闭经，主要是因为性染色体异常，或者是单纯的卵巢发育不全。还有卵巢的功能肿瘤。引起闭经是因为垂体疾病引起的荷尔蒙水平的改变。因此，有闭经的症状一定要先检查一下病因。
功能性闭经可以在医生的指导下用药，可以去医院中医科进行辩证治疗的。以及活血化瘀药物进行治疗。保持阴部清洁卫生，精神放松，生活规律，保证充足睡眠，不要受凉，不要吃垃圾食品。
功能性下丘脑性闭经的治疗，应该是首选诱导排卵法，或者用尿促性素（HMG）治疗，但仅用于下丘脑GNRH分泌异常，而垂体和卵巢有正常反应的闭经者，给药必须模拟生理性的释放形式，断续的，脉冲式的静脉或皮下注射制药，其次，可用中药治疗，中医养阴补肾与活血补肾法。
功能性下丘脑闭经的患者可以使用药物进行治疗。如果生育愿望比较强烈，可以通过促排卵治疗来促进怀孕。诱导排卵的药物有尿促性素、溴隐亭、氯米芬等。功能性下丘脑闭经是由于下丘脑功能障碍分泌促性腺激素释放激素减少，对没有生育要求的患者而言，如果没有症状是不需要进行治疗的。如果患者症状比较明显，可以通过补充外源性的雌激素和孕激素来治疗，常用药物有屈螺酮炔雌醇片屈螺酮炔雌醇片(Ⅱ)。