功能性闭经的治疗方法有手术。
子宫性的病因有子宫内膜炎、子宫内膜损伤、子宫发育不全，建议可以通过子宫切除手术、宫腔内放疗等方式进行治疗。卵巢功能不正常引起的闭经，主要是因为性染色体异常，或者是单纯的卵巢发育不全。还有卵巢的功能肿瘤。引起闭经是因为垂体疾病引起的荷尔蒙水平的改变。因此，有闭经的症状一定要先检查一下病因。
功能性闭经可以使用活血化瘀药物进行治疗，保持阴部清洁卫生，精神放松，生活规律，保证充足睡眠，不要受凉，不要吃垃圾食品，通过子宫内膜厚度监测或相关性激素测定可以配合吃药物。
卵巢性闭经：卵巢功能失调所致的闭经多伴见阴道干涩，性交困难或不孕；卵巢早衰所致的闭经表现为40岁以前即闭经，伴面部潮热，烘热汗出，烦燥等更年期症状；多囊卵巢综合征之闭经可见肥胖，多毛，不孕。垂体性闭经：垂体肿瘤所致的闭经可伴有头痛，视物不清，或泌乳；垂体前时坏死之闭经，发生于产后大出血，表现为性欲减退，生殖器萎缩，乏力怕冷，毛发脱落。下丘脑性闭经：多发生于精神创伤，精神过度紧张，闭经为突然发生的。
功能性闭经可以在医生的指导下用药，可以去医院中医科进行辩证治疗的。以及活血化瘀药物进行治疗。保持阴部清洁卫生，精神放松，生活规律，保证充足睡眠，不要受凉，不要吃垃圾食品。
流产后或产后严峻的子宫炎症会导致闭经，常见有结核性子宫炎症。由于刮宫过度，子宫受损伤，造成宫腔粘连，就会导致闭经。子宫内膜无法对卵巢做出正常的反应是称为子宫性闭经。若是在手术时因切除子宫或放射治疗而损害到子宫内膜均会出现闭经。
功能性闭经其实是说月经停止的时间在六个月以上，功能性闭经的病发对象是非常广泛的，在任何的年龄阶段都是有可能会出现的，根据病患的年龄进行区分，一般功能性闭经会分成两种类型，一个是原发性功能性闭经，一个是继发性功能性闭经。