功能性下丘脑闭经的患者可以使用药物进行治疗。如果生育愿望比较强烈，可以通过促排卵治疗来促进怀孕。诱导排卵的药物有尿促性素、溴隐亭、氯米芬等。功能性下丘脑闭经是由于下丘脑功能障碍分泌促性腺激素释放激素减少，对没有生育要求的患者而言，如果没有症状是不需要进行治疗的。如果患者症状比较明显，可以通过补充外源性的雌激素和孕激素来治疗，常用药物有屈螺酮炔雌醇片屈螺酮炔雌醇片(Ⅱ)。
下丘脑性闭经是闭经当中最复杂的一种。除了治疗相应的原发病因以外，根据病者体内的雌激素水平和是否生育的要求，可以采取治疗。如果有生育要求，应该积极的诱导排卵，可以使用氯米芬促性腺激素，如果对无生育的雌激素水平低下的下丘脑性闭经，主要是以补充性激素为主。另外还可以用中医的疗法，中医是用补肾和活血来治疗下丘脑性闭经。治疗血虚、肾亏所引起的闭经，可以使用食物汤，或者根据症状的加减来进行治疗。
下丘脑垂体性闭经是由于下丘脑激素分泌异常导致的闭经。一定要在第一时间去治疗才行，可以尝试使用激素治疗的方法或者是药物治疗的方法，或者是中医针灸治疗的方法。平时注意卫生，避免辛辣刺激的食物。
可能是有关激素的合成及运输的障碍，又或者是激素脉冲释放异常，在一些因素下比如运动过量，精神压抑或者是神经性厌食，体重急剧下降等，都会导致垂体分泌的黄体生成素以及卵泡雌激素减少，有可能会影响到闭经的情况。还有就是慢性消耗性疾病也会影响到下丘脑的功能。
一旦患有下丘脑性闭经，一定要及时的治疗，目前治疗下丘脑性闭经主要的方法是，使用雌孕激素补充治疗。与精神的因素也有一定的关系，有的精神紧张，还有常常会有休息不好的情况，会引发下丘脑性闭经的，除此之外，还有肥胖，遗传的因素，不良的生活习惯，不良的饮食习惯，内分泌的因素等，都有可能引发下丘脑闭经的发生。
下丘脑垂体闭经就是指下丘脑分泌的促性腺激素释放激素减少，导致垂体分泌的促性腺激素减少，再作用于靶器官子宫及附件，出现闭经的症状。下丘脑垂体闭经应进一步查明病因，以便针对病因治疗。