肛瘘典型的一些症状就是肛门流脓、流血，瘙痒，有的还伴有异味。肛瘘久拖不治，瘘口会增加，治疗难度也会增大，十年以上肛瘘具有一定癌变风险。积极手术治疗，是可以治好的。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道，肛瘘必须及时手术治疗，找到内口，切开引流排脓。肛瘘最严重的症状是导致肛门功能下降，甚至造成大便失禁。所以肛瘘需要早期需要尽早治疗。
首先肛瘘感染发炎后，肛门疼痛剧烈，破溃后脓水污染内裤，脓汁刺激局部皮肤，肛门瘙痒剧烈，久而久之可使皮肤虚弱，消瘦，精神不振，抗病能力下降，发作越频繁。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延，而形成多发性复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。
肛周脓肿，这也是最常见的引起肛瘘的原因，肛周脓肿自行破溃或者切开引流后，形成了肛瘘。直肠肛门的损伤，比如外伤，吞咽了骨头、金属等，或者是肛门镜检查时，损伤肛管直肠，细菌侵入伤口引起的肛瘘。
瘘口、瘘管增加：肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。肛瘘感染发炎后，肛门疼痛剧烈，溃破后脓水污染内裤，脓汁刺激局部皮肤，肛门瘙痒剧烈。久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，发作亦越频繁，形成互为因果。
由于反复发作，脓液可穿透管壁，沿括约肌间隙扩散，形成多发复杂的肛瘘，不仅给治疗带来困难，而且影响肛门的正常生理功能。任由肛瘘发展，可对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。