由于反复发作，脓液可穿透管壁，沿括约肌间隙扩散，形成多发复杂的肛瘘，不仅给治疗带来困难，而且影响肛门的正常生理功能。任由肛瘘发展，可对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。
肛瘘不治疗会导致肛瘘经久不能恢复，也就是外口会假性愈合等身体抵抗力下降、过度劳累或者进食辛辣、刺激的食物以后，外口可以自行破溃、流脓、渗液，并且伴有臭味等。如果肛瘘不治疗是很难自行恢复的。
确诊肛瘘是需要进行手术治疗的，如果有肛瘘，不手术治疗容易造成肛周脓肿，肛周脓肿可以引起严重的疼痛或者是并发症的出现，一定要早期的进行检查和治疗，注意好休息避免过度的疲劳并且尽量的避免上火温水坐浴同时也可以适当通过手术方法治疗。
肛瘘不治疗是不会自愈的，若一直拖延不治疗，还可诱发肛门湿疹、肛门瘙痒、贫血、肛门肿痛等病症，有了肛瘘还是要尽早治疗，久拖不治还可导致久拖不治还会出现贫血、排便困难等病症。
肛瘘不治会引起流脓流水，污染亵服，引起病菌滋生，可引发肛门湿疹、肛门瘙痒等其他肛肠疾病。剧烈活动后可促使脓汁外溢，局部经常受到刺激，皮肤磨擦、瘙痒，非常痛苦，从而影响工作和学习。肛瘘长期没治引起瘘管会随着时间的推移而逐渐增加，由一个瘘管进展成多个瘘管，形成高位复杂性肛瘘，难以治疗，易引起肛门失禁等后遗症。
高位复杂肛瘘不治疗会感染导致大范围组织发炎坏死，高位复杂肛瘘病人饮食宜清淡，少食辛辣、煎炒、油炸、烈酒等不消化和刺激性食物，多食水果、蔬菜和纤维性食物，多饮水，尤其是香蕉、蜂蜜类润肠通便食物。