首先肛瘘感染发炎后，肛门疼痛剧烈，破溃后脓水污染内裤，脓汁刺激局部皮肤，肛门瘙痒剧烈，久而久之可使皮肤虚弱，消瘦，精神不振，抗病能力下降，发作越频繁。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延，而形成多发性复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。
肛瘘是肛门周围皮肤与直肠管壁之间的异常通道，是由于肛窦发生感染后形成的肛周脓肿破溃了，导致肛瘘的发生。由于直肠内粪便、体液、细菌等不断由直肠内口进入瘘管，导致瘘管反复不能愈合，可以去医院进行治疗。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。
流脓：脓液多少与瘘管大小、长短及数目有关。新形成或炎症急性发作期的瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚，经久不愈的瘘管脓液较少或时有时无。脓液急剧增多，局部脓肿，体温增高。常因肛瘘炎症急性发作或有支管形成。结核性肛瘘脓液多而清稀，呈米泔水样，可有干酪样坏死物。肿块：肛缘索条状硬块。