手术是肛瘘的唯一治好的办法。手术要注意将肛门括约肌的损伤减至最低程度，以尽量保护肛门括约功能，避免发生肛门失禁的后遗症，这种复杂性肛瘘术后一般大约需1个半月到2个月左右时间才可完全治好。
如果大便干，出血是鲜红色的可以先查一个肛门镜。如果有脓血便、大便不成型、大便次数多、排便不顺畅、便秘、大便和血混在一起及大便上有条形，那就建议查电子结肠镜。大便时出鲜红色血一般是痔疮出血，局部摸药膏就可以。禁食辛辣刺激性食物。
留取大便时注意不要与尿液混在一起，宝宝粪便为水样稀便、不成形便，可先用干净容器接取，不得从尿布、便池、地面上舀取；采取大便后应尽快送检（1小时内送至检验科检查），以免影响检验结果。建议注意给宝宝多喝温热水，注意腹部防寒保暖；饮食卫生，宜清淡有营养。
老不上大便的处理方法。
老不上大便，如果便秘是造成便秘的原因，很多人的便秘和饮食结构不合理有一定的关系。平时可以多喝水，多吃一些富含膳食纤维的食物，比如芹菜、苹果、猕猴桃等。其次，饭后半个多小时，可以做一些有氧运动，比如瑜伽、太极、散步等，可以增强机体的免疫力，促进肠道蠕动。如果是顽固性便秘，可以选择导泻药物，如乳果糖口服液、芦荟胶囊等。
患者自身应保持心情舒畅，避免不良情绪的刺激，注意保持良好的生活习惯和饮食习惯。
进行大便常规检查时，用检验科专有器皿取黄豆粒大新鲜粪便，如果是腹泻稀便，量要多些。立即送检，不要超过1小时。若在家中留取尽量不要混入卫生纸，不要落入便池的水中，以免污染标本导致结果不准确。
