手术是肛瘘的唯一治好的办法。手术要注意将肛门括约肌的损伤减至最低程度，以尽量保护肛门括约功能，避免发生肛门失禁的后遗症，这种复杂性肛瘘术后一般大约需1个半月到2个月左右时间才可完全治好。
如果肛瘘诊断已经明确，那么成年人的肛瘘基本上都得通过手术进行彻底的治疗，肛瘘属于人为切开以后所遗留下来的管道，所以无论是肛周脓肿还是肛瘘，都要进行手术，必要时将瘘管周围瘢痕走之，同时切除使伤口至基底向上逐渐痊愈。
肛瘘必须通过手术才能治疗好。肛瘘有一个内口，一个外口，内外口之间还有一个瘘管。手术时要注意处理好内口，还需要完整地分离出内外口之间的瘘管，这样才能彻底治疗肛瘘。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。