南瓜子不但是一种零食，而且还是一种中药材，具有丰富的营养成分，同时也有很高的药用价值，南瓜子具有小毒，吃多会影响肝的，在食用后可以起到补血的作用，另外，还富含丰富的维生素A、B、C及矿物质，及铁和磷，对人的机体生理功能有很好的维护作用。
南瓜子可以生吃，但是多吃不易消化，会排较多肠气。生南瓜子有一定毒性，少量吃可以打虫，吃多会中毒。南瓜子晒干，熬水喝可以有杀虫的功效驱猪肉绦虫，蛔虫都是很有效的。
生南瓜子吃多不会上火。南瓜味甘，性温，南瓜是属于温性食物，食用之后是不会出现上火的情况。南瓜子生食时若和花生，核桃一同食用，更利于营养互补。南瓜子的熟食既可以当零食吃，也可以用来烹调菜肴或糕点面食。南瓜子经炒制后，磷元素流失较多，但别的元素变化较小，不影响矿物质元素的摄入。
吃南瓜子过多会导致营养和脂肪增加，容易发胖，所以南瓜子要适量食用。南瓜子还有一定的温补作用，如果女性体热，并且进食过多，会造成热毒在体内积累，引起身体不适，让人容易上火。
南瓜子不要生食。生食不但口味不好，而且食用后的保健作用不大。还有已经氧化腐败的南瓜子不要食用，食后容易引起恶心、呕吐、腹痛。胃热病人宜少食，否则会感到脘腹胀闷。