慢性乙型肝炎的治疗主要包括抗病毒、免疫调节、抗炎保肝、抗纤维化和对症治疗，其中抗病毒治疗是关键，只要有适应证，且条件允许，就应进行规范的抗病毒治疗。对于慢性乙型肝炎必须采取以抗病毒为主的综合治疗，才能最大限度地抑制病毒复制。
目前确诊有效的主要是干扰素，干扰素是公认的对乙型肝炎病毒复制有一定作用的药物，作用机制主要是阻断病毒的繁殖以及复制，主要是通过抗病毒蛋白，导致RNA裂解阻止乙型肝炎病毒的复制，以及诱导受感染的肝细胞抗原表达，这样能够对有些感染细胞能够起到识别和杀伤作用。
慢性肝炎抗病毒治疗的药物有：是口服的核苷类药物，现在认为的是长效的，这两类药物可以单药使用，也可以联合使用，但是这两类药物都很难达到治疗病毒的效果，都需要长期用药。
1.对慢性HBV感染，病毒复制指征持续阳性者，抗病毒治疗方法是一项重要措施。目前抗病毒药物，效果都不十分满意。应用后可暂时抑制HBV复制，停药后这种抑制作用消失，使原被抑制的指征又回复到原水平。有些药物作用较慢，需较长时间才能看到效果。由于抗病毒药物的疗效有限，且仅当病毒复制活跃时才能显效，故近年治疗方法慢性乙型肝炎倾向于联合用药，以提高疗效。
慢性乙型肝炎至今为止，还没有任何一种药物或治疗方法能够很有把握的实现乙肝表面抗原的阴转或血清学转换。还有一部分病人在经历了漫长的疾病进程，甚至于病情已经发展到肝硬化、肝癌阶段，自发的实现了表面抗原的阴转或血清学转换（HBsAg→HBsAb），但此时病情已接近或达到终末期，从病毒清除中所获得的收益已经微乎其微。
慢性乙肝携带者，肝功能正常，腹部彩超正常，在肝炎免疫耐受期，或者乙肝免疫稳定期，或者是非活动期，都不需要治疗。
要有充足的休息、充足的睡眠、少喝酒、定期检查乙肝五项定量、乙肝DNA、肝功能、腹部彩超、血常规等。如果肝功能反复出现异常，或者达到抗病毒治疗的指征，那么需要进行抗病毒治疗。抗病毒治疗包括干扰素抗病毒治疗方案和口服核苷类药物抗病毒治疗方案。干扰素抗病毒治疗是首选干扰素抗病毒治疗。由于干扰素抗病毒治疗的重点是治疗，有效疗程一般为一年左右，核苷类药物抗病毒治疗需要长期服用。