细菌性痢疾是由于细菌导致的，所以应该选择敏感性的抗生素来治疗。可以经验性使用药物，同时进行药敏实验，及时调整药物治疗。同时应注意避免服用止泻的药物以免加重病情。可是适当给予盐水来改善失水的情况，保持水电解质的平衡。
通常情况下，婴儿细菌性痢疾腹泻可以通过药物来治疗。具体情况分析如下：
婴儿细菌性痢疾腹泻的治疗，首先是应用抗菌素，细菌性痢疾是感染了痢疾杆菌造成的，此时就要应用头孢克肟等头孢菌素进行抗细菌治疗，等肠道的细菌被杀灭以后，孩子的腹泻症状自然就会好转。其次是给予对症支持治疗，如果腹泻的量比较多，要给予口服补液盐以纠正脱水和电解质的紊乱；发热超过腋下38.5度时，要给予布洛芬退热。
治疗的方法有：抗菌治疗法因志贺菌对抗生素的耐药性逐年增长，并呈多重耐药性，故应根据当地流行菌株的药敏试验或患者大便培养的药敏结果选择敏感抗生素。还有局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并且刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。
慢性细菌性痢疾的治疗原则是消除感染、提高机体的抗病能力和调整肠道的功能。急性细菌性痢疾是由治疗不及时、疗效不明显、营养不良引起的。其主要症状是腹痛，腹泻，腹胀等。在治疗方面，如果出现志贺菌，需要立即口服双歧杆菌三联活菌散，并配合口服思密达等肠粘膜保护剂，以调整肠道功能。2%的磺胺银可以保留灌肠，也可以口服中药来调理身体，提高免疫力。
可以吃一些抗感染的药物，或者是治疗肠道炎症的药物，如果说是长期性的问题，就需要喝中药来调理。支持和对症治疗，腹泻次数多者，大便会带走大量水分和电解质，导致脱水和电解质紊乱，轻者可予口服补液盐，严重脱水者，可考虑静脉输液。
治疗的方法有：一般治疗法，要卧床休息、消化道隔离，隔离至临床症状消失，大便培养连续两次阴性。给予流质或半流质饮食，忌食生冷、油腻和刺激性食物。还有局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并且刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。