手术治疗，对于比较严重的肾积水致患侧肾功能全部丧失或有严重感染积脓，但对侧肾功能良好，可行患肾切除术；冲击波体外碎石治疗，该技术是根据结石大小，电脑自动跟踪，精确定位结石，通过超声波的冲击，在体外将结石击成粉末或小米粒状，然后随尿液排出体外。
小儿轻度肾积水可以不采取外科手术，通过服用药物治疗。
肾积水通常是尿道堵塞，并伴有肾组织萎缩。泌尿系梗阻可见于泌尿系的任何一处，可能是一侧或两侧。堵塞的程度可以是完全的，也可以是不完整的，如果持续一段时间就会出现肾积水，要排除梗阻的原因，这样病情就会好转，但是在日常生活中要注意避免进食过多的流质食物，否则会导致尿液排出。
应该找到引起肾积水的原因。最常见的原因有输尿管结石导致肾积水，肾盂、输尿管连接部狭窄，输尿管肿瘤导致肾积水，以及输尿管外异物或者手术后粘连、输尿管狭窄，也会导致肾积水。如果是肿瘤导致的肾积水，应该将肾脏、输尿管切除。如果是狭窄、粘连导致，应该通过手术方式解除梗阻，缓解肾脏积水。
肾积水的手术治疗应早期进行。合理的应用整形手术，纠正肾盂输尿管连接部异常，争取肾功能的较大恢复。肾积水严重，肾功能破坏十分严重，而对侧肾正常者，可作积水肾切除术。侧肾积水严重，一侧较轻，可先治疗严重的一侧。以免发生肾功能不全，手术成功后可为对侧手术时增加安全性。
冲击波体外碎石治疗，该技术是根据结石大小，电脑自动跟踪，精确定位结石，通过超声波的冲击，在体外将结石击成粉末或小米粒状，然后随尿液排出体外；手术治疗，肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗。
轻度的肾积水要治疗，肾积水是指肾脏集合系统分离，多由尿路梗阻所致，比如输尿管结石、输尿管狭窄以及尿潴留等，肾积水不属于一类疾病，而是其他疾病引起的一种临床上的表现，因此肾积水能不能自我愈合要看引起积水的疾病能不能自我愈合。