病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾，输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行；手术治疗，对于比较严重的肾积水致患侧肾功能全部丧失或有严重感染积脓，但对侧肾功能良好，可行患肾切除术。
手术治疗，对于比较严重的肾积水致患侧肾功能全部丧失或有严重感染积脓，但对侧肾功能良好，可行患肾切除术；病因治疗，需要查明病因针对性治疗，原因可能是炎症感染，或结核杆菌感染，或者结石的原因造成的，也有可能是输尿管发育畸形。如果是炎症感染造成的，需要应用抗生素控制炎症。结石需要采取体外碎石，也可以采取药物溶石的方法治疗。如果发育畸形造成的需要采取手术治疗。
常见治疗肾积水的方法是：肾切除术，肾积水严重，剩余的肾实质过少，或伴有严重感染即肾积脓时，如对侧肾功能良好，可切除病肾；手术治疗，解除造成肾积水的梗阻性疾病：如结石应去除;解除纤维索带或迷走血管的压迫;前列腺增生可行电切或摘除等。
肾积水较轻，病情进展缓慢，肾功能已达平衡和稳定状态可观察，但应定期检查了解积水进展情况。可自行解除的梗阻，如孕妇生理性肾积水。肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗。
由于尿路结石引起的肾积水，可以行体外震波碎石或者内镜下碎石取石治疗。病情较重，不允许做大手术，或者梗阻暂时不能去除，可以在超声引导下，经皮肾穿刺造瘘，将尿液直接引流进行治疗。输尿管炎性狭窄，或者晚期肿瘤压迫，引起的肾积水，可以经膀胱镜放置双j管，行内引流治疗。
肾积水的治疗方法，根据引起肾积水的原因，由于尿路结石引起的肾积水，可以行体外震波碎石或者内镜下碎石取石治疗。病情较重，不允许做大手术，或者梗阻暂时不能去除，可以在超声引导下，经皮肾穿刺造瘘，将尿液直接引流进行治疗。