病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾，输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行；手术治疗，对于比较严重的肾积水致患侧肾功能全部丧失或有严重感染积脓，但对侧肾功能良好，可行患肾切除术。
手术治疗，对于比较严重的肾积水致患侧肾功能全部丧失或有严重感染积脓，但对侧肾功能良好，可行患肾切除术；病因治疗，需要查明病因针对性治疗，原因可能是炎症感染，或结核杆菌感染，或者结石的原因造成的，也有可能是输尿管发育畸形。如果是炎症感染造成的，需要应用抗生素控制炎症。结石需要采取体外碎石，也可以采取药物溶石的方法治疗。如果发育畸形造成的需要采取手术治疗。
双肾积水的危害会引发结石。双肾积水危害是非常大的，长时间得不到治疗，会并发结石的形成，还会引起患者有感染，感染他是会加重梗阻，会加速肾功能的损害，是会使患者有肾积脓的情况，肾积水的还会导致肾结石。建议可以在医院做B超检查，CT检查，尿路造影等患者然后是可以在医院通过手术的方式来进行治疗，平时饮食要清淡。
肾积水较轻，病情进展缓慢，肾功能已达平衡和稳定状态可观察，但应定期检查了解积水进展情况。可自行解除的梗阻，如孕妇生理性肾积水。肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗。
治疗难度根据病情而定，可以选择保守治疗，比较适合肾积水较轻，病情进展缓慢，肾功能达到平衡和稳定状态的患者。当患者肾积水逐渐加重，临床症状明显，肾功能持续下降，梗阻原因明确，并发症多时，应及时进行外科治疗。
肾积水的治疗方法有局部处理、引流、整形手术。在梗阻部位可用局部处理解决，如粘连分离，纤维索带切断，血管移位再吻合，结石摘除等，对于梗阻严重，已造成肾脏严重积水的患者，需先作造瘘引流解除患者的不适。