卵巢囊肿是一种严重的妇科疾病，会给健康带来很大的影响，积极进行治疗，同时还要在日常生活中多加注意，避免过度劳动，在经期，一定要禁止性生活，饮食注意清淡，禁止大量的酗酒、吸烟，食用新鲜的蔬菜及水果，适当的补充蛋白质等，保持心情舒畅。要学会自我调节心态，避免长期的压抑，保持乐观的心态。
要注意劳逸结合，不要过度劳累，避免高度紧张及精神刺激，保持乐观开朗的心情，和平和的心态，增强机体的免疫力，平时注意保暖避免感冒受寒。加强体育锻炼，增强体质，多在阳光下运动，多出汗可将体内酸性物质。有辅助恢复的作用。
以及治疗预后不一样，中医与西医见解不同，西医认为子宫内膜异位症属于雌激素依赖性疾病，治疗采取口服类雄性激素药，不同年龄不同生育要求治疗建议中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，影响水液代谢，痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症，这种囊肿影响怀孕，并且可以出现经期腹痛，会逐渐加重。如果是大的巧克力囊肿或者影响怀孕，可以做手术治疗。如果是小的巧克力囊肿，没有明显的痛经，也可以用药物治疗。如果有生育要求，要尽快的怀孕，因为子宫内膜异位症是引起不孕证比较重要的原因，所以随着病情的发展，不孕症的发病率会逐渐升高。卵巢巧克力囊肿做手术很容易复发，如果症状不是很严重，暂时可以保守治疗。
巧克力囊肿院行腹腔镜手术，现医院检查发现复发，卵巢巧克力囊肿特点就是容易复发，特别是对于年轻女性。饮食上没有特别需要注意的，少吃点豆制品，如果巧囊不大，可以不用治疗，如果巧囊大了，可以再次考虑手术剥除。
注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常；月经期要做好自身的保健，注意控制自己的情绪，不要生闷气，否则会导致内分泌的改变；女孩子青春期要避免受惊吓，以免导致闭经可形成溢流；女性月经期一定要禁止性生活。