巧克力囊肿是子宫内膜异位症，这种囊肿影响怀孕，并且可以出现经期腹痛，会逐渐加重。如果是大的巧克力囊肿或者影响怀孕，可以做手术治疗。如果是小的巧克力囊肿，没有明显的痛经，也可以用药物治疗。如果有生育要求，要尽快的怀孕，因为子宫内膜异位症是引起不孕证比较重要的原因，所以随着病情的发展，不孕症的发病率会逐渐升高。卵巢巧克力囊肿做手术很容易复发，如果症状不是很严重，暂时可以保守治疗。
巧克力囊肿术后饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用。
饮食要的注意忌食羊肉、虾、蟹、鳗鱼、咸鱼、黑鱼等发物以及像酒类、辣椒、酸菜等的酸、冷、辣的食品，在经期更要注意一些。饮食要注意多吃些玉米等的五谷杂粮，提倡多样化饮食，平时可以多吃些芝麻、花生、瓜子等，维持营养所需。应该坚持低脂肪饮食，多吃瘦肉、鸡蛋、绿色蔬菜、海带、香菇以及新鲜水果等。
巧克力囊肿院行腹腔镜手术，现医院检查发现复发，卵巢巧克力囊肿特点就是容易复发，特别是对于年轻女性。饮食上没有特别需要注意的，少吃点豆制品，如果巧囊不大，可以不用治疗，如果巧囊大了，可以再次考虑手术剥除。
巧克力囊肿饮食应该注意饮食宜清淡，避免所有冷食。及时补充蛋白质、热量和必要的维生素、矿物质，如鱼肉、瘦肉、牛奶。在月经前后注意吃过热的汤和蔬菜。多吃新鲜的水果和蔬菜，如香菇、大枣等饮食应富含足够的营养，忌辛辣刺激性、海产品等，要控制烟酒。要避免油腻食物的摄入，包括肥肉、煎炸类食物。
不要吃蜂蜜或者豆奶粉，在吃的食物上要有忌口，如海鲜类的蟹，带鱼，肉类的狗肉，鹅肉，还有生葱，生蒜，桂圆白酒等这些发物刺激性的食物，酒类少吃或不吃。在饮食上要以清淡为主，要富含足够的营养，纠正偏食以及不正常的饮食习惯。