巧克力囊肿常规检查注意事项是要先监测有没有排卵。做个输卵管造影，看看输卵管是否通畅，子宫形态有没有异常。还要排除免疫性不孕。男方要查个精液常规和抗精子抗体。只有找到不孕的原因，才能有针对性的用药治疗。巧克力囊肿需要复查彩超，查CA125和抗子宫内膜抗体。
女性月经期一定要杜绝性活。要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止一切激烈体育运动及重体力劳动。女孩子青春期要避免受惊吓，以免导致闭经或形成溢流。月经期要做学会控制情绪，不要生闷气，否则会导致内分泌失调。随时调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
B超发现卵巢囊肿，一定要医生当时明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的，b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。因为子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
可以进行超声检查及腹腔镜检查，另外还可以结合妇科检查辅助判断，不过腹腔镜检查是目前临床上诊断卵巢巧克力囊肿效果最好的方法，引起不孕不育的原因较多的，需要先注意去医院做下检查查找原因，然后再对因治疗，注意卫生等。
月经干净后，或者月经期间都可以的，主要的检查项目包括内分泌检查、B超检查等内容。巧克力囊肿如果增长速度比较快，是需要考虑手术治疗的。当囊肿伴有出血、感染和恶性转化时，表现出异质性，CT值增加。