巧克力囊肿可在宫腔镜的窥视下看到子宫内膜样组织，由于这种囊肿内潴留的陈旧血瘀如巧克力糊状的颜色，会引起植物神经功能紊乱、影响人体内分泌调节，以致卵巢功能过早衰退，雌激素的分泌减少。
常用检查有双合诊检查、三合诊检查、腹腔镜检查、B超检查、CT、MRI等。阴道和腹部B超检查有助诊断。巧克力囊肿大多是子宫内膜异位症引起的，容易导致月经量多或是痛经的可能。巧克力囊肿术后容易复发。如果囊肿不大可以先观察，月经期疼痛严重，可以口服药物缓解症状，平时不要吃寒凉食物，注意腹部保暖。
身体出现这些表现，警惕卵巢囊肿找上门，腹围增粗、腹内肿物：这是病人最常有的现象。病人觉察自己的衣服或腰带显得紧小，方才注重到腹部增大，或在晨间偶然察觉，因而自己按腹部而发现腹内有肿物，加之腹胀不适。腹痛：如肿瘤没有并发症，极少疼痛。
巧克力囊肿主要是由于月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片因引流不畅，不能全部从阴道排出，有少量经输卵管向盆腔倒流。卵巢巧克力囊肿的病因尚未清楚，环境因素、生活习惯、精神状态等都可能与卵巢囊肿的发病有关系，但与已婚未婚没有什么关系。
种植学说，化生学说和上皮由来学说。常见的有经血逆流，医源性种植，淋巴传播和血管播散等，因为还有免疫学说。只要表现是痛经，而且还会进行性加重，另外还有性交痛，不孕或者月经失调等症状。
巧克力囊肿扭转或破裂了可以从症状来判断。巧克力囊肿蒂扭转这种现象会引起腹痛，而且是激烈的疼痛，恶心呕吐等。常须急诊处理，囊肿破裂多发生于经前期及月经期。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的病理表现。