巧克力囊肿扭转或破裂了可以从症状来判断。巧克力囊肿蒂扭转这种现象会引起腹痛，而且是激烈的疼痛，恶心呕吐等。常须急诊处理，囊肿破裂多发生于经前期及月经期。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的病理表现。
身体出现这些表现，警惕卵巢囊肿找上门，腹围增粗、腹内肿物：这是病人最常有的现象。病人觉察自己的衣服或腰带显得紧小，方才注重到腹部增大，或在晨间偶然察觉，因而自己按腹部而发现腹内有肿物，加之腹胀不适。腹痛：如肿瘤没有并发症，极少疼痛。
巧克力囊肿一旦破裂就会使得输卵管被堵，导致卵巢的排卵功能无法正常运行，降低受孕几率。积血流到盆腔就会使得出现小腹疼痛、月经不调、性生活疼痛等现象，并且导致盆腔器官粘连在一起，引起腹膜炎卵巢巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。卵巢巧克力囊肿虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。
痛经为主要症状，为继发性且逐年加重，月经过多，月经血量多，也是临床常见症状之一，一般月经周期规律表现为经血过多或带经日久。性交痛：子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症均可发生性交痛，而且常于月经前较为明显。不孕。
巧克力囊肿蒂扭转指的是卵巢囊肿因为体位等变成发生了扭转，是妇科很严重的疾病。约10%卵巢肿瘤并发蒂扭转。好发于瘤蒂长、中等大、活动度良好、重心偏于一侧的肿瘤。常在病人突然改变体位时，或妊娠期、产褥期子宫大小，位置改变时发生蒂扭转。
巧克力囊肿常伴有原发、继发不孕史或继发性痛经，或有不明原因的盆腔疼痛和性交痛等。去内诊检查，囊肿下缘有明显的触痛。腹腔镜检查是诊断最可靠的方巧克力囊肿法之一。因此可以通过有效的检查手段到专科医院明确病因后对症治疗以免延误病情。