对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。
去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
巧克力囊肿比较大了，本身药物治疗效果就不好，现在这么大了，应该更没有什么效果，不愿意手术就服中药，但是最多只能尝试2个月，如果没有效果就尽快手术，久了对卵巢功能破坏更严重，还会引起附件粘连，影响生育。可以做腹腔镜手术，创伤小，恢复快。
力囊肿是子宫内膜异位。中医认为有经血瘀阻，气滞不畅，子宫寒凉，肝肾虚弱，脾虚，血虚，湿热湿浊等有关。建议到正规医院检查确诊后针对病因进行治疗。也可以找有经验的中医辨证用中药治疗，生化颗粒等。
巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。
可以试试中药诊脉调理，对这种病有效果。注意姿势端正，调节情绪。注意休息饮食起居，少吃辛辣刺激，少吃膨化食品碳酸饮料。多喝温热蔬菜汤。热敷理疗，注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。
