巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。
巧克力囊肿应该在中医指导下服用中药治疗。在用药以后需要去医院做B超复查，如果再恢复正常，不需要进一步治疗。如果用药效果不理想，也可以去医院做腹腔镜的微创手术治疗。
一般是从整体的观念入手进行治疗，活血化瘀，软坚散结，疏肝理气，扶正固本，清热解毒等全面的调节女性内分泌，在治疗一段时间后气行血活，脏腑通顺。中医治疗巧克力囊肿最明显的优势就是不开刀，副作用比较小且在治疗后复发率是比较低的。
去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
中医治疗卵巢巧克力囊肿以疏肝理气，扶正因本，活血化瘀，软坚散结，清热解毒为治疗思路。由于气血是肌体的物质基础，而脏腑为气血生化之源，分管气血的生成、统摄和运行。但中医治疗卵巢巧克力囊肿，并不是所有人都适用，具体还需要根据实际病情来看，因此女性朋友患有卵巢巧克力囊肿，一定不要盲目接受巧克力囊肿的治疗，需要去正规的医院听取专业医师嘱咐在考虑。
中医通息疗法。通息疗法：通过激活和增强人体的免疫系统（包括体液免疫和细胞免疫）使其增加体液免疫对致瘤因子的监控，促进淋巴细胞、单核吞噬和巨噬细胞对瘤体组织的吞噬作用，纠正导致瘤体的内环境调节，内部调理与穴位治疗相结合，局部治疗与整体调节相补充，从而达到标本兼治的原则，直通病灶，达到治病求本、标本兼治的治疗效果。