原因就是子宫内膜的损伤，最常见的就是反复的做人流手术、刮宫手术等，子宫内膜肌体一旦收到损伤之后想再生长起来就非常困难。子宫内膜不是固定的，是随着月经周期而变化的，注意饮食的合理性，注意休息好，适当的运动，保持一个良好的心情。
具体目前尚不明确，但主要与内源性激素雌激素，以及外源性雌激素的作用有关系。内源性雌激素的影响，第一是女性不排卵，子宫内膜长期受雌激素的作用无孕激素的对抗长期处于增值状态，第二是女性肥胖的影响。外源性雌激素的影响，提升激素替代疗法，主要是围绝经期的女性，由于激素缺乏而导致骨质疏松，更年期综合征，用一些雌激素能缓解一些的症状，但是就会导致子宫内膜过厚。
子宫内膜薄，常见的原因一般是内分泌失调、雌激素不足、排卵障碍和生长激素缺乏等。还有就是子宫内膜的损伤、粘连等，饮食对于该疾病的治疗有着重要的意义。子宫内膜薄，可以多吃黄豆和豆制品，因为大豆含有天然的雌激素，能补充雌激素，含雌激素多的食品一般都是豆制品。
子宫内膜薄的原因分为全身因素和局部因素，全身因素有内分泌失调，如雌激素水平偏低，孕激素不足，排卵障碍和生长激素缺乏等；局部因素主要是内膜损伤，粘连和缺如等。也有的是用药，还有内膜薄是做人流药流做的，把内膜做薄了，做的次数多了，甚至现在有很多做无痛人流，做完之后根本就不来月经了，内膜才0.3、0.4，就非常薄了。
内分泌紊乱性疾病导致的子宫内膜偏薄，因为子宫内膜是在雌激素的作用下出现，增值的，如果患者体内雌激素水平比较低或者雄激素，泌乳素等水平比较高，对抗雌激素，可以出现子宫内膜薄，月经量少的情况。
子宫内膜壁薄的原因可能是先天因素，部分女性子宫内膜先天偏薄，或者是宫腔操作，有流产史的女性存在宫腔操作史，易造成宫腔粘连或子宫内膜损失，也可能是子宫内膜结核，结核病毒易侵害生殖器官，造成子宫内膜结核，侵蚀子宫内膜，导致子宫内膜逐渐地变薄。