子宫内膜薄的原因分为全身因素和局部因素，全身因素有内分泌失调，如雌激素水平偏低，孕激素不足，排卵障碍和生长激素缺乏等；局部因素主要是内膜损伤，粘连和缺如等。也有的是用药，还有内膜薄是做人流药流做的，把内膜做薄了，做的次数多了，甚至现在有很多做无痛人流，做完之后根本就不来月经了，内膜才0.3、0.4，就非常薄了。
具体目前尚不明确，但主要与内源性激素雌激素，以及外源性雌激素的作用有关系。内源性雌激素的影响，第一是女性不排卵，子宫内膜长期受雌激素的作用无孕激素的对抗长期处于增值状态，第二是女性肥胖的影响。外源性雌激素的影响，提升激素替代疗法，主要是围绝经期的女性，由于激素缺乏而导致骨质疏松，更年期综合征，用一些雌激素能缓解一些的症状，但是就会导致子宫内膜过厚。
子宫内膜偏薄，有可能是体内的雌激素分泌下降引起的。如果过多做人流手术，子宫内膜受损也会导致子宫内膜偏薄。子宫内膜偏薄，会导致月经量偏少，怀孕容易导致流产。调理一下月经周期。注意月经期的保暖，少吃辛辣刺激性的食物。
子宫内膜偏薄，有可能是体内的雌激素分泌下降引起的。如果过多做人流手术，子宫内膜受损也会导致子宫内膜偏薄。子宫内膜偏薄，会导致月经量偏少，怀孕容易导致流产。可以口服点雌孕激素的药物，调理一下月经周期。注意月经期的保暖，少吃辛辣刺激性的食物。
如雌激素水平偏低，孕激素不足，排卵障碍和生长激素缺乏等；内分泌失调会导致体内激素失衡，使子宫内膜周期性变化紊乱，造成子宫内膜薄。先天性畸形造成的子宫内膜薄，子宫内膜炎、多囊卵巢综合征，都有可能破坏子宫内膜的生长。
清宫手术或者人工流产造成子宫内膜损伤引起宫腔不全粘点导致子宫内膜偏薄。内分泌失调引起的雌激素水平过低，可以引起子宫内膜过薄。结核病毒易侵害生殖器官，造成子宫内膜结核，侵蚀子宫内膜，导致其逐渐变薄。