巧克力囊肿打针副作用会导致经血不调，运行不畅，腹部疼痛等症状，在恢复期间一定要注意劳逸结合，避免过度劳累，造成身体负荷，饮食上可以吃一些易消化的流质或半流质的食物，有利于人体的吸收和消化，平时可以多喝一些水。
巧克力囊肿打针有一定的疼痛，要治疗卵巢囊肿还得从改善自身的体质开始。多吃碱性食品，同时补充人体必须的有机营养物质，恢复自身的免疫力。宜多吃具有抗肿瘤作用的食物鳖、龙珠茶、山楂、芝麻。忌烟酒、葱蒜椒等刺激性食物。忌肥腻、油煎、腌制食物。忌羊肉、胡椒等温热动血食物。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种。正常子宫内膜生长在子宫腔内，如果这种子宫内膜组织生长在盆腔的其他部位，就形成子宫内膜异位症。巧克力囊肿手术切除还需要用药物预防复发，所以需要打针来消炎，一般至少要打三针。
巧克力囊肿是属于子宫内膜异位到卵巢引起的临床表现，子宫内膜异位症是指有活性的内膜细胞种植在子宫内膜以外的位置而形成的一种女性常见妇科疾病。临床常见症状为痛经，月经异常，不孕，性交疼痛等。术后药物治疗是规范月经周期，卵巢早衰与治疗无必然关联性。
卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上生长而导致形成，会引起进行性的痛经，甚至是导致不孕。切除手术以后，禁止同房和盆浴一个月，以免由于过早的同房和盆浴导致引起盆腔的感染，同时还要禁止做重体力活动，饮食清淡才行。
做完巧克力囊肿的手术还是建议打针的，考虑为注射防止术后粘连及促排卵的药物的可能性大，对于有生育要求的，还是应该打针的。手术后要注意多休息及加强营养，有利于伤口及身体的恢复。