做完巧克力囊肿的手术还是建议打针的，考虑为注射防止术后粘连及促排卵的药物的可能性大，对于有生育要求的，还是应该打针的。手术后要注意多休息及加强营养，有利于伤口及身体的恢复。
巧克力囊肿术后可以吃药预防复发，吃药的副作用较小，不必打针。由于术后体质虚弱，要注意休息。还要调节情绪，调节免疫力，增强体抗力。月经期不要做剧烈运动。日常生活要注意保暖，避免受寒，要讲究个人卫生，多喝白开水，多吃新鲜蔬菜和水果，要按时到医疗机构进行复查。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
卵巢囊肿比较大，并且发生破裂，手术之后还是要打针治疗的。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症造成的，打针是为了不让月经来潮，可以使手术后卵巢有时间好好修复，也可以预防卵巢巧克力囊肿复发。
根据个人体质不同，时间自然也不一样。巧克力囊肿术后一般一个月就可以恢复。恢复的时间长短，和手术后的保养也有很大关系，所以术后要多休息，在恢复期间，定期到医院复查看恢复情况。
