长期服用的后果会直接影响肝、肾、脑等功能。而且氯氮平片的副作用是，镇静作用强和抗胆碱能不良反应较多，常见有头晕、无力、嗜睡、多汗、流涎、恶心、呕吐、口干、便秘、体位性低血压、心动过速。
氯氮平作为非经典抗精神病药物的代表，有着不可取代的地位，因为氯氮平的作用非常广泛。氯氮平治疗精神病的效果特别明显，可以治疗精神分裂症，可以治疗双向情感障碍躁狂发作，也可以用于锥体外系副反应的治疗，但是因为氯氮平有个特别严重的副反应，粒细胞减少。
长期服用氯氮平副作用会有头昏、乏力、嗜睡、多汗、流涎、恶心、呕吐、口干、便秘还有体位性低血压、心动过速的现象出现。氯氮平来治疗精神分裂症，对于精神分裂症的阳性症状和阴性症状都非常有效。
氯氮平想要成功停药，需要在患者巩固治疗期间病情稳定、自知力大部分恢复、社会功能受损不明显等情况下进行。氯氮平一般用于反复发作或者对其他抗精神病药物反应差的患者，停药需谨慎。
服氯氮平后多数病人有便秘症状，可辅助通便类药物缓解。还有可能白细胞下降，属于较危险的副作用，建议定期检查血常规，观察病人白细胞是否有异常。若白细胞数量轻微下降，可服用增加白细胞类的药物。
暂时不能停药，防止复发。首次发病需要巩固治疗2-3年。经国内外专家几十年系统对照研究，精神分裂症首次发病需要巩固2-3年可以明显降低复发，复发率随服药时间延长而降低。维持服药一年，复发率60，维持服药2内，复发率40左右，维持3年，复发率10-20以下。