乙脑灭活疫苗与减毒疫苗有很大的不同之处，就是因为乙脑灭活疫苗是由死病毒制作而成，副作用比较小，要经过多次的注射，才能在婴儿体内产生抗体。
反复的注射会使婴儿的疼痛和副作用的发生率提高。乙脑减毒疫苗是一种活疫苗，有一定的免疫排斥作用，副作用比较大，但是免疫效果好，接种次数少，对孩子的危害小，更容易为父母所接受。所以，乙脑减毒疫苗优于减毒疫苗。
一般情况下，宝宝接种了疫苗之后会发热，要根据发热的具体情况进行分析，比如咳嗽、打喷嚏、流鼻涕等，可以考虑是上呼吸道的疾病，可以口服小儿氨酚黄那敏颗粒、小儿头孢克肟、鲜竹沥口服液等药物进行治疗；宝宝出现腹泻、呕吐等症状时，可以口服妈咪爱、蒙脱石散、乳酸菌素片等药物进行治疗。体温38.5摄氏度以上要吃退烧药，没有明显的表现，可能是因为打了一针流感引起的发热，可进行物理降温。
打麻风乙脑不一定都发烧的，对于一些免疫力正好处于地下的时候，或者打麻风乙脑疫苗正好处于感冒没有症状期间，会造成孩子发烧的症状，但是大部分的时候，大麻风乙脑是不会发烧的。
通常情况下，宝宝打麻风疫苗后发烧可以通过药物、物理降温来治疗。
宝宝打麻风疫苗后在1-2周内可能会出现一过性的发热反应，其中为轻度发烧，持续一2天后可自行缓解，所以不需要处理，可以适当休息，多喝水，注意保暖，防止出现交叉感染，但对于中度发热反应或者是发热超过48小时，还可采用物理方法、药物进行治疗。物理方法包括冷敷、贴退热贴、洗温水澡等，退热药物，如美林、泰若林、小儿柴胡口服液等。
麻风疫苗和乙脑疫苗可以一起打，但一般不提倡一起打。麻风疫苗主要是为了预防麻疹和风疹，乙脑疫苗主要是为了预防流行性乙型脑炎。不提倡一起打是因为患儿在接种疫苗后，有时会出现不良反应和过敏反应。临床常见的有接种部位局部红肿、硬结、发热、腹痛、食欲不振等。若患儿同时接种两种疫苗可能会加重不适症状。
一般来说，打乙脑疫苗后发烧39度的原因如下：
疫苗的副作用可能会导致患者出现打乙脑疫苗后发烧39度的情况。正常情况下，发烧症状的时间不会持续太久，基本会在3天内缓解。口服布洛芬混悬液，多喝温水以及温水擦拭身体的物理降温方式都可以有效改善症状。
日常生活中，患者应注意多休息，避免过度劳累，保持心态平和，不要有太大的精神压力，还要注意个人饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，保证营养均衡，有利于身体恢复。