牙根尖囊肿手术没有什么风险的，牙根尖囊肿是由根尖肉芽肿或者是慢性牙槽脓肿发展而来的一种牙科疾病，会出现局部肿胀、疼痛等症状，如果囊肿较大，可以进行手术切除，是一种很简单的手术。
如果是没有任何的症状，可以进行继续观察变化，一旦出现症状或者持续性增长的情况，就需要考虑进行手术治疗，使用药物进行保守治疗一般是没有效果的。多注意休息时间的合理安排。
根尖囊肿手术结束后骨头需要修复，和普通骨折愈合的时间差不多，时间大概三至六个月，这个愈合的情况还因人而异，具体的还需专业医生判断。建议等三至六个月做修复体修复。进行根尖囊肿手术后一般要进食软食和流质饮食为主，不吃辛辣刺激的食物和过硬过热的食物。
较小的根尖囊肿可以通过根管治疗后定期复查，若有变小，则不需要另行处理；较大的根尖囊肿则需要在根管治疗后，进行根尖手术、囊肿切除术。大的根尖囊肿需要进行手术切除，囊肿部位的牙齿能够保留的尽量保留，不能保留的也需要一并拔除。
如果根管治疗减菌不完全、牙套材质不良，或密合度不佳，都有可能导致牙根里头持续发炎、化脓的牙根间囊肿，如果不及时治疗，通常牙齿內的細菌會慢慢侵蚀，甚至从一颗牙根传染到另一颗牙根。牙根里发炎、化脓，暗藏许多细菌，才会导致疼痛，忽视的結果可能会造成蜂窝性组织炎，严重甚至扩大感染。
