如果根管治疗减菌不完全、牙套材质不良，或密合度不佳，都有可能导致牙根里头持续发炎、化脓的牙根间囊肿，如果不及时治疗，通常牙齿內的細菌會慢慢侵蚀，甚至从一颗牙根传染到另一颗牙根。牙根里发炎、化脓，暗藏许多细菌，才会导致疼痛，忽视的結果可能会造成蜂窝性组织炎，严重甚至扩大感染。
根尖囊肿如不接受治疗无法自愈，牙根尖周围软组织和硬组织会受到破坏，甚至影响邻近牙齿的牙根尖，导致牙齿根尖出现吸收，或出现牙槽骨、颌骨的空腔，形成瘘道，使得根尖脓包经久不愈，可引起急性症状发作。
牙根尖囊肿手术没有什么风险的，牙根尖囊肿是由根尖肉芽肿或者是慢性牙槽脓肿发展而来的一种牙科疾病，会出现局部肿胀、疼痛等症状，如果囊肿较大，可以进行手术切除，是一种很简单的手术。
如果是没有任何的症状，可以进行继续观察变化，一旦出现症状或者持续性增长的情况，就需要考虑进行手术治疗，使用药物进行保守治疗一般是没有效果的。多注意休息时间的合理安排。
口腔部位的病变恢复相对来说不是很快，这是由于每天三次的进餐，食物的反复刺激，会有影响恢复，但是这不会癌变的，牙齿的根尖囊肿都是由慢性炎症刺激导致的。现在可以到医院拍张口腔牙齿的全景片，看看这颗牙齿的根尖囊肿大不大，在选择做根尖切除术的。
根尖脓肿指根尖周围的牙周膜和牙槽骨等尖周组织的疾病。疼痛非常剧烈，呈持续性、搏动性。治疗方法：可以根管治疗，也可切开引流。根尖囊肿由根尖肉芽肿发展而来，也可能是慢性牙槽脓肿发展而来，多无自觉症状。治疗方法：手术切除。不论是根尖囊肿还是根尖脓肿，要想彻底治疗，都得进行手术。