一般情况下，怀孕后支原体、衣原体感染可以在医生的指导下服用大环内酯类药物治疗，比如：阿奇霉素。
支原体、衣原体感染可以经胎盘垂直传播或逆行性感染，引起宫内感染，可导致流产、早产、胎儿宫内发育迟缓等，小孩出生时可能会导致感染，出现结膜炎等。对于孕期的特殊感染，除了支原体、衣原体，还有弓形体、巨细胞病毒、风疹病毒等。这些特殊感染可能会造成胎儿畸形，要及时筛查，及时处理。
支原体、衣原体感染一般不需要太担心。对于支原体、衣原体的感染，目前最主要的方式就是抗感染治疗，抗感染治疗一般选用大环内酯类的药物，对于一部分症状比较轻的患者，也可以不治疗。因为支原体衣原体的感染具有自限性，适当使用抗感染的药物，可以明显缩短病程减少并发症。
大多数由衣原体引起的肺炎都需要使用抗生素，如阿奇霉素或红霉素。支原体、衣原体感染所引起的肺炎在临床上主要表现为痰少，干咳，而且在夜间比较明显，有些患者还会出现头痛咽痛的现象。这种疾病比较常见于青少年和儿童在成年人群中是比较常见的。这种疾病主要是通过X线影像学进行检查作出的判断。在进行治疗期间，还应该谨遵医生嘱托，不用药物，不要擅自用药，避免对身体的健康造成影响。
支原体、衣原体等是轻度或中度的，自身的免疫功能是可以自行恢复的。支原体、衣原体感染、自身免疫力低下等情况，是很难治愈的。
对于支原体、衣原体的治疗，可以选择红霉素、阿奇霉素、罗红霉素等三种药物。近年来，对支原体的抗药性越来越强。抗药性高达75%，使用红霉素类的药物也不一定有效。如果治疗无效，可以选择环丙沙星、左氧氟沙星等喹诺酮类药物。另外，四环素、多西环素、米诺环素等都是四环素。
支原体衣原体感染的严重程度，取决于它所引起的何种结果。
第一，造成不适，如支原体，衣原体尿道感染等，会引起尿痛或者尿道刺痛。支原体衣原体感染前列腺，就是前列腺炎，会导致尿频，尿急等不舒服。支原体衣原体感染精囊或生殖系统，会造成受孕困难。
因此支原体衣原体的感染严没有严重，需要对病症进行鉴别。
支原体感染和衣原体感染是可以治愈的。
目前支原体感染和衣原体感染对许多抗菌素敏感，采用针对性的抗菌素治疗一般都能治好。由于支原体没有细胞壁，因此对青霉素、头孢素、磺胺类等会产生一定的抗药性，对四环素、红霉素、阿奇霉素等药物比较敏感。阿奇霉素对衣原体和支原体均有良好的疗效，可以成为临床上的首选药物。
