一般情况下，怀孕后支原体、衣原体感染可以在医生的指导下服用大环内酯类药物治疗，比如：阿奇霉素。
支原体、衣原体感染可以经胎盘垂直传播或逆行性感染，引起宫内感染，可导致流产、早产、胎儿宫内发育迟缓等，小孩出生时可能会导致感染，出现结膜炎等。对于孕期的特殊感染，除了支原体、衣原体，还有弓形体、巨细胞病毒、风疹病毒等。这些特殊感染可能会造成胎儿畸形，要及时筛查，及时处理。
支原体衣原体感染会影响怀孕：
泌尿生殖道感染支原体后，引起的疾病男性为非淋菌性尿道炎，表现为尿道刺痒、烧灼感和排尿困难，少数有尿频。尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，部分病人无症状。女性主要为非淋菌泌尿生殖道炎，表现为白带增多，尿道灼热或引起盆腔炎，输卵管炎等而引起不孕，流产和宫外孕.所以如果发现有此问题，最好是在医生的指导下进行有效的治疗。
支原体衣原体感染不可以怀孕。如果支原体衣原体感染病情比较严重会引起不孕不育的现象，而且即使怀孕以后也不排除会出现有先兆流产，流产或者早产等病情的发生。
衣原体感染怀孕了是否能需要根据不同的情况进行判断。
身体条件好的情况下，可以继续怀孕，由于衣原体感染可能会影响受精卵发育，可引起胚胎发育不正常通常情况下，特别是孕晚期，孕妇发生衣原体感染，分娩时胎儿也可感染衣原体而引起新生儿肺炎及其他继发感染，建议孕妇积极的进行治疗。
如果孕妇存在着衣原体感染，则应视实际状况来确定能否继续怀孕。
如果是轻度的，要经常进行怀孕的常规体检，通过羊水穿刺来确定胚胎和胎儿的生长状况，只要是健康的，孩子一般可以要。但是如果衣原体感染的情况比较严重，有很大的几率会导致先兆流产。
孕妇应该做好产前检查。
怀孕支原体感染是否严重需要根据具体情况来判断。
如果孕妇在怀孕之前就存在支原体感染的情况，就容易导致在怀孕之后出现流产、早产、低出生体重儿和胎儿畸形的情况。但如果孕妇是在怀孕的中晚期才感染了支原体，因为这个时候胎儿的发育基本完成了，所以并不会造成大的影响，在分娩时选择进行剖腹产来避免胎儿受到感染即可。