阴茎短小的原因，最为根本的是遗传基因的影响。包皮过长，缺乏生长的必要空间，阻碍阴茎的发育生长。内体寒、怕冷、体内阳气严重不足，致使阴茎不能完全凸出，有部分阴茎仍内缩于腹腔内。
阴茎短小考虑是发育问题。不同人种阴茎的发育是不一样的，阴茎的大小也不一样。需要关注勃起的状态，而不是静息长度。中国人阴茎长度约为6-7公分，直到10公分，这是静息状态。6公分可以接受，没有问题，不影响生活。发育原因导致阴茎短小，从一开始就发育不良，是激素刺激不够或者激素刺激的时机不对，最终造成阴茎比较短小。增大阴茎的办法就是通过延长手术。
出现先天性阴茎短小的情况，首先说这个年龄不可能再有阴茎二次发育，所以不要再寻求药物治疗来改善症状，如果是有明显的阴茎短小情况，建议可以在当地的公立医院就诊，阴茎延长术是实现成人阴茎延长的唯一方法.由于它是一个技术含量非常高的手术，建议选择正规专科医院。
引起阴茎短小的原因主要是阴茎先天性的发育不良，包括包茎，隐匿性阴茎。也有可能是由于海绵体的病变导致海绵体萎缩，海绵体硬化，出现阴茎短小。多见于阴茎外伤，或者是高血压糖尿病。
宝宝阴茎的长短在国内没有正常的标准值，其中部分称为隐匿性阴茎，检查后可发现其不单是一层皮，内部还有阴茎，需要进行外科处理。部分儿童存在包茎的问题，包的比较紧，会影响发育，这种也需要处理。
阴茎短小是可以长的。引起阴茎短小的原因很多，最常见的是包皮过长，包茎，隐匿型阴茎，如果存在这种因素，应该前往正规医院泌尿外科做包皮环切手术，或者隐匿性阴茎的成形手术，可以使阴茎增大。
