体外碎石的危害主要是会出现肉眼血尿，膀胱刺激症以及肾绞痛等。另外也可能会出现肾包膜下血肿，极少数严重的可能出现肾破裂。甚至会对输尿管造成损伤，有导致肾萎缩的潜在风险。
体外震荡碎石过程迅速，而且无痛感，是非常有效果的办法。肾结石止痛不是办法，一般的止痛药物只能缓解当下疼痛，不能根治。肾结石由于身体运动过程跟体内某些部位摩擦就会出现疼痛。
体外碎石后生活上也要多加注意，要多饮水，手术后应该进行应每天饮水2500毫升以上，增加尿量，稀释尿中的结晶，使其容易排出体外，同时即使会再形成的细小结石也可及早把它从尿中冲刷出去，使其不至于在体内聚集增大增多。
肾结石，若是直径较小，可以体外碎石，但若是结石较大，则不建议。
肾结石是否可以体外碎石要看具体情况，一般来说，体外碎石的肾结石一般是体积较小的肾结石，梗阻不严重的肾结石可以通过体外碎石来治疗，而且体外碎石需要输尿管没有梗阻性疾病才能起到很好的效果，如果是体积较大的肾结石或者已经出现严重梗阻的肾结石，则不宜进行体外碎石。因为这种病人的体外碎石效果并不是很好，主要是手术治疗，输尿管梗阻性疾病也不适合。
肾结石体外碎石是有危险的。体外冲击波碎石如果定位不准确，容易打到肾实质造成肾挫伤或者肾包膜下血肿等情况的发生。做体外冲击波碎石时，并不会疼痛。但是结石如果被粉碎后，在排石的过程中，结石落入输尿管，会刺激输尿管引起输尿管痉挛从而导致肾绞痛出现，需要及时的进行解痉，止痛治疗，必要时还需要使用抗生素预防感染。
