体外碎石的危害主要是会出现肉眼血尿，膀胱刺激症以及肾绞痛等。另外也可能会出现肾包膜下血肿，极少数严重的可能出现肾破裂。甚至会对输尿管造成损伤，有导致肾萎缩的潜在风险。
肾结石患者通常在做体外震波碎石时，过程中经常会出现疼痛不明显现象。
当然，碎石完成后，此碎石易落入输尿管内，经输尿管流出时，则易形成输尿管梗阻，机械梗阻一经形成，可有较剧痛，例如，引起病可发生腰部剧痛，常表现绞痛。痛苦之余，也会使患者产生恶心、呕吐消化道症状和有尿频、尿急、尿痛乃至血尿等症状，对于这类患者，可适当给些解除输尿管痉挛和止痛类药物，还可酌情给患者进行补液，并应用某些药物扩张输尿管，以促使结石排出。
通常情况下，肾结石做体外碎石会影响肾。具体情况分析如下：
肾结石是指晶体物质从尿液中析出并沉积于肾脏，常见的症状有肾区疼痛、血尿、尿频等，肾结石大小不同、位置不同，治疗的方案也是完全不一样的，一般超过1cm的肾脏结石需要做体外震波碎石，患者如果做手术，可能会在手术过程中轻微地导致肾脏出血，因此肾结石做体外碎石会影响肾。
一般情况下，肾结石体外碎石的原理是发射冲击波击碎结石，具体内容如下：
如果患者体内的肾结石直径小于2cm，通常是可以通过体外冲击波碎石来进行治疗的。体外冲击波碎石指的是碎石机上存在一个冲击波的发射源，这个发射源能够发射冲击波，可以聚焦在肾结石上，并且将结石击碎。结石击碎之后，比较大的部分通常会在术中取出体外，比较小的部分仍然需要随着尿液通过输尿管、膀胱、尿道排出体外。但是，如果患者体内结石的直径不到0.6mm，患者通常不需要进行手术，可以适当增加饮水量，以促进结石排出。
长期的体外冲击波碎石可能造成输尿管粘连或者肾脏纤维化，造成肾功能损害或者输尿管狭窄、粘连等。同一部位反复碎石有可能造成输尿管损伤或肾脏损伤，患者出现肉眼血尿或者腹痛症状。体外冲击波治疗较大的结石，可能会产生石阶，导致患者输尿管完全梗阻。体外冲击波碎石治疗时可能因随呼吸活动而定位不准。