生殖系统真菌感染患者通常需要吃抗真菌的药物进行治疗。
生殖系统真菌感染主要是真菌在尿道或者外生殖器上引发的一系列症状，比如尿频、尿急、尿痛、尿道瘙痒等。患者通常可以按照医嘱吃伊曲康唑胶囊、氟康唑胶囊等抗真菌的药物进行治疗，通常能够起到抗真菌的作用。
生殖系统真菌感染患者可以按照医嘱用抗真菌药物、止痒药物等。
生殖系统真菌感染的患者会出现瘙痒、疼痛以及脱皮等症状，患者可以按照医嘱用抗真菌药物，能抑制真菌细胞生长，使真菌细胞破裂死亡。患者还可以配合口服止痒的药物改善，如氯雷他定，一般能有效地缓解症状。
男性出现生殖真菌感染，建议先到皮肤科就诊，通过真菌检查明确诊断，再通过药物和日常防范等方法进行治疗。
治疗的常用药物有伊曲康唑胶囊、复方酮康唑乳膏等药物搭配治疗，患者在日常生活中要注意私处的卫生，勤换内裤。包皮过长的患者，建议做包皮的环切术来防止复发，此外，性伴侣需要供同治疗。
一般情况下，脸部真菌感染的治疗方法有以下几方面：
患者可以先口服伊曲康唑胶囊，但需遵医嘱，用药前辅查肝功、血脂等，也可口服盐酸莫西沙星片、复方甘草酸苷片等，再用复方黄柏洗剂、晟露洗剂等冷湿敷贴，也可以用盐酸布替萘芬搽剂、盐酸特比萘芬乳膏等交替早、晚外涂。如感染较重，需预先进行皮肤无菌清创，再用碘化钾溶液、硝酸咪康唑软膏等交替早外涂，平时应忌辛辣、忌饮酒等。
耳朵内有霉菌感染时，会感到奇痒难耐。在治疗的时候患者要注意保持耳朵的干净，避免潮湿，可以在耳朵里面滴入硼酸溶液，这样可以起到收敛和抑制渗出的效果。可以外用复方酮康唑乳膏，具有抗真菌的功效。
建议患者不能频繁的抠耳朵，也不能进行摘耳手术，以免造成交叉感染。不能随便买滴耳液，否则会影响到外耳道的正常细菌环境。真菌性外耳道炎首先要确定自身的免疫系统疾病和糖尿病，要及时治疗才能缓解。
皮下真菌病和全身性真菌病统称为深层真菌病。我国深部真菌病的发生率急剧上升，这与广谱抗生素、类固醇、免疫抑制剂、器官移植、导管手术、糖尿病、爱滋病等因素有关。可通过如下方式治疗：
1.临床上以念珠菌、隐球菌、曲霉菌等最多，治疗深部真菌性疾病首先要消除各种诱发因素；
2.其次要根据患者的具体情况选择不同的抗菌药物：两性霉素B是目前常用的治疗药物。
3.氟胞嘧啶、制霉菌素；咪康唑、酮康唑、克霉唑、氟康唑、伊曲康唑等药物都可用于治疗该疾病。
