鉴别药物不良反应与抑郁症状非常重要，如疲劳及对碳水化合物的渴求等。鉴于大部分不良反应为一过性，当其出现时，观察性等待往往是合理的选择。换药之前，可以首先尝试降低药物剂量或调整服药时间。若效果欠佳，联用其他药物也可以考虑。
抗抑郁药副作用可能会有口干、便秘、心动过速、视物模糊、震颤、体位性低血压、嗜睡、体重增加等。然后还有可能会出现焦虑、烦躁不安，食欲增加或降低、体重增加，多汗，关节疼，性功能障碍等。
抗抑郁药副作用不是很大，但有的人在早期服药的第1-2周，可能会出现胃肠道的反应，如恶心、口干或者腹泻、厌食。如果调整剂量，经过半月后，这些症状可能会缓解。有的人还可能会加重头痛、失眠、焦虑的症状，所以要调整药物。
服用抗抑郁药物后会产生副作用有抗胆碱能副作用，表现为口干、便秘、视物模糊。中枢神经系统副作用，出现镇静为主，在服用药物后睡眠较多。心血管副作用，表现是直立性低血压、心动过速、头晕等。还有体重增加。过敏反应。
常用的抗抑郁药都是对胎儿有影响的。在产后会出现毒性反应或者撤药综合征。这类副作用相对比较常见，比如在怀孕时期服用了三环类的抗抑郁药物，新生儿会出现肠梗阻，敏感，易激惹，癫痫发作。孕期服用新型的抗抑郁药的新生儿会出现适应困难呼吸困难、喂养困难，易激惹。
抗抑郁药起效需要等待一段时间，一般是1-3周能够见到效果。在临床上，主要从症状出现频率有无减少和严重程度有无变化来评价有无改善。不管是频率少了，还是程度轻了，都认为药物开始起效。患者常常能够自己感觉到情绪较前改善，能够高兴起来，脑子反应也不再那么慢，也能够对事物提起兴趣，愿意与人交流沟通，身体疲乏的感觉也少了。