附睾畸形的治疗方法有药物治疗、手术治疗等，具体分析如下：
1.药物治疗：在不育手术中通常会发现附睾畸形，因此可以通过口服促进精子产生、改善和替代治疗的药物，以及由于男性睾丸内分泌功能低下而导致的疾病。十一酸睾酮是目前临床上比较常见的口服药物，可以在短时间内缓解男性不孕，但是如果长期使用十一酸睾酮，则会对精子产生有一定的影响。不良反应包括皮疹、痤疮、白细胞减少、水钠潴留、恶心、呕吐、厌食、腹泻等。
2.手术治疗：附睾管输精管吻合术是节段性附睾闭锁的首选方法。本术式是在放大10-20倍的显微镜下，将膨胀的附睾管切开，从断端取出粘液，寻找精子。
附睾缺如又可分为： 1.中肾管完全不发育，输精管、精囊及射精管一并缺如。 2.中肾管发育不全，附睾体尾部缺如，同时伴有输精管缺如。 3.中肾管未发育成附睾管，而直接衍变成输精管、精囊和射精管，睾丸输出管与输精管相连。 4.无附睾，输精管不与睾丸连接，其近端呈盲端。附睾附着异常包括附睾与睾丸完全分离和部分分离，后者指附睾头与睾丸不连接，附睾不附着于睾丸下极等。
附睾畸形不影响生育时，无须治疗。节段性附睾闭锁可采取附睾管输精管吻合术进行治疗。在放大10～20倍手术显微镜下，选用Silber和 Wagenknecht两种附睾输精管吻合方法?。二者的主要区别是Silber法采用扩张的附睾管与输精管端端吻合，而Wagenknecht法则采用扩张的附睾管与输精管端侧吻合。切开扩张的附睾管先接取附睾管断端流出的液体查找精子，确定存在精子后，用11-0无损伤尼龙线将附睾管与输精管黏膜吻合，一般间断缝合4～6针，然后用9-0无损伤尼龙线行附睾被膜与输精管肌层吻合。 附睾头囊肿可采取穿刺抽液注射硬化剂的治疗方法，但由于复发率较高，不如手术方法安全可靠，目前已较少使用。附睾缺如者本身无法治疗，主要解决生育问题若患者睾丸生精功能正常，可行辅助生殖治疗。附睾畸形合并隐睾者，应及时行睾丸固定。
