肛门闭锁是因原肛发育异常、未向内凹入形成肛管，因而直肠与外界不通，又称低位肛门直肠闭锁，可采用低位锁肛或高位锁肛：是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。术后要注意孩子的营养，孩子外阴的卫生要保证好的，密切观察。
肛门里有粪便溢出，这可能是由痔疮、直肠炎症或直肠肿瘤引起的。要及时去医院肛肠科，找肛肠科的医生检查一下。如果有必要，可以做直肠内窥镜检查。通过检查，可以做出明确的诊断，找出哪种疾病可以决定如何治疗。
肛门漏粪的原因很多，主要指的是各种原因导致的肛门自主控制出现障碍，不能随意地控制大便。长期的重度脱肛或者内痔脱出，会引起肛门括约肌疲劳导致松弛，排便时肛门闭合不严会导致肛门漏粪。如果是肛瘘，那就需要通过手术来治疗。
先天性肛门闭锁又称锁肛指新生儿肠道没有出口，有时合并直肠尿道瘘或直肠阴道瘘，其治疗分三种情况：新生儿肛门完全没有出口需立即手术，否则导致肠梗阻、常坏死，新生儿死亡；新生儿并发直肠阴道瘘或直肠尿道瘘，大便从阴道或尿道内流出，这类患儿不会导致死亡，但如尿道或阴道存留粪便太多会引起阴道炎或膀胱炎；如闭塞不通的直肠下端位于控制肛门开闭的肛门括约肌上，应在新生儿出生后在腹壁做一直肠造口（人工肛门），在1岁左右再二期手术造肛门。
可采用腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术或腹会阴肛门成形术：在会阴部、腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。这种情况孩子先天性肛门闭锁手术后肛门失禁，需要注意肛门清洁卫生，饮食清淡规律。
