一般情况下，疱疹性咽峡炎与手足口病区别主要有症状不同、发病部位不同等。
1.疱疹性咽峡炎：主要是由上呼吸道的急性炎症引起的，也可以是单个的，突然的高烧可以达到40度，伴有咽痛、食欲差、不吃东西等症状，在悬雍垂、软腭、咽腭弓区都会出现几个或几十个灰色的小疱疹。另外，也可能是在口腔的其它地方，疱疹破溃就会形成溃疡。
2.手足口病：症状为低热、咽痛、食欲差、口唇上有散在的疱疹和溃疡，手足、手臂、腿、臀部等部位会有皮疹，个别儿童会有严重的全身症状。
手足口病与湿疹区别：皮疹位置不同。湿疹不单集中在手部或足部，肘关节、手部、足部、脸上都可能会有，而小儿手足口往往会出现在手足部位和咽峡部。形态不同。湿疹表现为皮肤的潮红，皮肤可能会出现糜烂或者是渗液，斑丘疹等改变，同时伴随明显瘙痒。而手足口的皮疹以疱疹为主，一开始可能为红点，但慢慢出现有水泡的疱疹，而且疹子长势随着横纹走向生长。分布规律不同。虽然小儿手足口的皮疹起的厉害会在肘关节、甚至臀部、膝关节，躯干出现，但手足口出的皮疹是离心性的，即是分布在四肢末端，而水痘的生长是向心性，即以分布躯干部位为主。
手足口病是一类病毒感染的统称，是病因。两者可重叠，即手足口病可表现为口腔溃疡的可能，口腔溃疡可由很多病因引起手足口病病毒是其中之一。手足口病是病毒感染引起，口腔溃疡病因不明确，但是于病毒感染关系不大。手足口病主要时学龄前儿童多见，主要表现为口腔黏膜糜烂溃疡多呈多发，同时伴有手及足部水疱，严重时会涉及臀部，伴有发热，有传染性，需要积极抗病毒及支持治疗。
手足口病跟口腔溃疡二者有个区别就是前者会传染后者不会。手足口病主要临床表现为：发热，同时会有手、足、口腔等部位出现斑丘疹、疱疹，还有的会出现咽喉疼、头痛或者流涕等感冒的症状。而口腔溃疡一般称之为上火，属于口腔的疾病。
幼儿急疹是一种急性出疹性疾病，由人疱疹病毒6型引起，主要表现为高热。幼儿急疹主要见于面部、躯干，四肢较少，可引起耳后淋巴结肿大，整个病程中，患儿状态都会比较好。
而手足口病是由肠道病毒引起的一种急性传染性疾病，临床症状以发热、手足口腔疱疹为主，疱疹一般从手足开始出现，内部多有泡液，重症患儿可出现急性心肺功能衰竭、中枢神经系统等损害，危害也比较大。
上呼吸道感染和肺炎的区别主要在于上呼吸道感染是由于鼻腔咽喉的炎症，这种症状通常与年龄、性别以及地区的差异无关，大多数是以鼻炎症状较为明显，有咳嗽和咳痰的症状，也没有明显的肺部体征。而肺炎是指肺泡肺间质的炎症所引起的，也可能是细菌性的肺炎，出现肺炎通常表现为咳嗽和发烧，同时还伴有咳痰以及伴有胸痛的现象，肺炎早期通常是没有明显的异常，严重的患者会出现呼吸道罗音异常，肺炎和上呼吸道感染，两者之间大多数是有明显的区别。
