巧克力囊肿饮食要清淡、每天补充足量蛋白质、热量和维生素。每天多吃新鲜的水果，多吃些苹果、香蕉、梨。不能吃辛辣刺激、海鲜类，拒绝烟酒，不能吃油炸食品。在月经前后，不能吃过热的汤和蔬菜。合理作息，每周做有氧运动，放松心情。
合理的饮食习惯和营养搭配对于巧克力囊肿的康复治疗是非常有帮助的。应该多吃一些具有抗肿瘤作用的食物，例如鲎、绿茶、螺旋藻等，而出血型卵巢巧克力囊肿病人平时宜多食羊血、淡菜、乌贼、荠菜、藕、蘑菇、石耳、柿饼等，伴随腹痛。
巧克力囊肿术后饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症，这种囊肿影响怀孕，并且可以出现经期腹痛，会逐渐加重。如果是大的巧克力囊肿或者影响怀孕，可以做手术治疗。如果是小的巧克力囊肿，没有明显的痛经，也可以用药物治疗。如果有生育要求，要尽快的怀孕，因为子宫内膜异位症是引起不孕证比较重要的原因，所以随着病情的发展，不孕症的发病率会逐渐升高。卵巢巧克力囊肿做手术很容易复发，如果症状不是很严重，暂时可以保守治疗。
注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常；月经期要做好自身的保健，注意控制自己的情绪，不要生闷气，否则会导致内分泌的改变；女孩子青春期要避免受惊吓，以免导致闭经可形成溢流；女性月经期一定要禁止性生活。
巧克力囊肿，饮食上没有特别需要注意的，少吃点豆制品，如果巧囊不大，可以不用治疗，如果巧囊大了，可以再次考虑手术剥除。避免一切寒凉食品。行经前后，尤须注意进食过热的汤、菜，生冷食物均属禁忌。肥厚油腻，易于滞瘀，少食为好，清淡疏利之品较为适宜。干果不忌，可随时食用，养生行血，核桃温阳，大枣、桂圆益气养血，更为适用。