抗甲状腺药物治疗常见副作用有：
1、白细胞减少，严重患者可引起粒细胞缺乏。白细胞减少时，合并上升药物口服，定期复查血常规。发展为粒细胞缺乏，需停止抗甲状腺药物治疗，给予促进白细胞生成的药物。
2、肝功能损害、抗甲状腺药物可引起中毒性肝病，其中丙硫氧嘧啶最易导致丙转氨酶或谷丙转氨酶水平升高。给予抗甲状腺药物后，定期复查肝功能，必要时停用抗甲状腺药物，用保肝药物治疗。
3、出现皮疹后进行抗过敏药物治疗。皮疹严重时，可停止抗甲状腺药物治疗。患者口服抗甲状腺药物治疗出现严重不良反应，应考虑更换碘-131治疗或外科手术治疗。
硫脲类药物引起的甲亢不良反应包括皮疹、皮肤瘙痒、白细胞减少症、粒细胞减少症、中毒性肝病和血管炎等。
甲环唑的不良反应是剂量依赖性的，而丙硫氧嘧啶的不良反应是非剂量依赖性的，两药交叉反应的发生率为50%。白细胞减少，白细胞低于4.0，中性粒细胞超过1.5，一般不需要停药，可减少抗甲状腺药物剂量，一般给予增白药物。甲状腺功能亢进症在病情不受控制时也可出现白细胞减少，用药前后需比较白细胞数量。皮疹和瘙痒的发生率约为10%，可采用抗过敏药物纠正，皮疹严重必须停药，避免发生剥脱性皮炎时，可改用同位素治疗。患者有关节痛时必须停药。否则，可能发生抗甲状腺药物引起的关节炎综合征。
甲亢复发，也需要服用看甲亢的药物来进行治疗的。只有服用药物控制甲状腺激素的分泌，才能使得身体健康。控制基础代谢率。需要结合甲亢的情况定量服用抗甲状腺激素的药物来进行治疗稳定，加上腺素的分泌才能够恢复身体的健康，避免各种并发症状的出现。
一般来讲，甲状腺疾病具有很多类型，不同类型的甲状腺疾病会有不同的药物。
如果是甲状腺功能减退，就要用甲状腺素片和左甲状腺素钠进行治疗
如果甲状腺功能亢进，一般是应用甲巯咪唑或丙硫氧嘧啶等抗甲亢药物。
如果是亚急性甲状腺炎，可以用双氯芬酸钠、布洛芬、对乙酰氨基酚等非甾体抗炎药。
而如果是甲状腺结节、甲状腺囊肿等比较严重的疾病要根据情况采用不同的治疗方式。
抗甲状腺微粒体抗体偏高长期可能会出现甲状腺功能减退。一般的情况下甲状腺微粒抗体过高的现象一般都是由于甲状腺炎等疾病导致的这一现象，在发病的早期没有特殊的感觉，有的会出现甲状腺肿大的现象，也有的会出现单侧的肿大的症状，所以要引起重视。甲状腺微粒体抗体高如果没有得到很好的治疗，进一步的发展可能会引起甲减的产生或者甲状腺功能减退。建议：平时可以适当的吃一些含碘丰富的食物，根据医生的建议进行定期的检查和合理的用药，必要的时候，可以通过手术的方法进行治疗，也可以通过使用药品的方法来控制病情的发展。
抗甲状腺球蛋白高怀孕需要及时进行治疗。
如果是抗甲状腺球蛋白抗体高妊娠，需要根据自身的甲状腺功能来进行治疗。如果病人仅仅是因为抗甲状腺球蛋白高，或者促甲状腺激素低于2.5miu/l，那么就可以不用药物。在促甲状腺激素2.5~4.0miu/l的情况下，可以选择服用左旋甲状腺素。如果是球蛋白抗体为阴性，促甲状腺激素>4.0miu/l，可以选择左旋甲状腺素进行药物治疗。
