抗甲状腺药物治疗常见副作用有：
1、白细胞减少，严重患者可引起粒细胞缺乏。白细胞减少时，合并上升药物口服，定期复查血常规。发展为粒细胞缺乏，需停止抗甲状腺药物治疗，给予促进白细胞生成的药物。
2、肝功能损害、抗甲状腺药物可引起中毒性肝病，其中丙硫氧嘧啶最易导致丙转氨酶或谷丙转氨酶水平升高。给予抗甲状腺药物后，定期复查肝功能，必要时停用抗甲状腺药物，用保肝药物治疗。
3、出现皮疹后进行抗过敏药物治疗。皮疹严重时，可停止抗甲状腺药物治疗。患者口服抗甲状腺药物治疗出现严重不良反应，应考虑更换碘-131治疗或外科手术治疗。
抗癫痫药物的副作用有胃肠道的不适，如恶心、呕吐，可出现头晕、头疼、嗜睡、视物双影、肢体活动的共济失调。抗癫药物的副作用还可以表现为血细胞的异常，如白细胞减少或血小板减少；还可以引起肝功能的损伤。
服用荨麻疹药物是具有一定副作用的，病人可能会出现轻度嗜睡，口干等副作用。如果长期用药，很可能会造成胃肠不适。如果身体出现了荨麻疹，建议到当地医院就诊，并遵医嘱服用药物，将对身体的伤害降到最小。
抗结核类的药物，一般副作用会出现肝损伤，肾损伤，关节痛，转氨酶升高，黄疸升高，头晕嗜睡，头痛乏力，周身不适，视力减退，甲状腺肿大过敏等症状。有很多也会出现胃肠道反应，比如恶心，呕吐，腹胀，腹痛等症状。
硫脲类药物引起的甲亢不良反应包括皮疹、皮肤瘙痒、白细胞减少症、粒细胞减少症、中毒性肝病和血管炎等。
甲环唑的不良反应是剂量依赖性的，而丙硫氧嘧啶的不良反应是非剂量依赖性的，两药交叉反应的发生率为50%。白细胞减少，白细胞低于4.0，中性粒细胞超过1.5，一般不需要停药，可减少抗甲状腺药物剂量，一般给予增白药物。甲状腺功能亢进症在病情不受控制时也可出现白细胞减少，用药前后需比较白细胞数量。皮疹和瘙痒的发生率约为10%，可采用抗过敏药物纠正，皮疹严重必须停药，避免发生剥脱性皮炎时，可改用同位素治疗。患者有关节痛时必须停药。否则，可能发生抗甲状腺药物引起的关节炎综合征。
常见的抗结核药物的副作用有视力下降，肌肉疼痛，关节疼痛，头晕眩晕，恶心等。肺结核是由结核分枝杆菌引起的慢性传染病，可侵及许多脏器，以肺部结核感染常见。人体感染结核菌后不一定发病，当抵抗力降低或细胞介导的变态反应增高时，才可能引起临床发病。