一般来讲，甲状腺疾病具有很多类型，不同类型的甲状腺疾病会有不同的药物。
如果是甲状腺功能减退，就要用甲状腺素片和左甲状腺素钠进行治疗
如果甲状腺功能亢进，一般是应用甲巯咪唑或丙硫氧嘧啶等抗甲亢药物。
如果是亚急性甲状腺炎，可以用双氯芬酸钠、布洛芬、对乙酰氨基酚等非甾体抗炎药。
而如果是甲状腺结节、甲状腺囊肿等比较严重的疾病要根据情况采用不同的治疗方式。
抗甲状腺药物治疗常见副作用有：
1、白细胞减少，严重患者可引起粒细胞缺乏。白细胞减少时，合并上升药物口服，定期复查血常规。发展为粒细胞缺乏，需停止抗甲状腺药物治疗，给予促进白细胞生成的药物。
2、肝功能损害、抗甲状腺药物可引起中毒性肝病，其中丙硫氧嘧啶最易导致丙转氨酶或谷丙转氨酶水平升高。给予抗甲状腺药物后，定期复查肝功能，必要时停用抗甲状腺药物，用保肝药物治疗。
3、出现皮疹后进行抗过敏药物治疗。皮疹严重时，可停止抗甲状腺药物治疗。患者口服抗甲状腺药物治疗出现严重不良反应，应考虑更换碘-131治疗或外科手术治疗。
甲状腺结节没有相应的治疗药物，对于没有出现气管压迫或其他相应症状且甲状腺功能正常的良性甲状腺结节者，定期随访即可；对于碘缺乏者，当促甲状腺激素过高而致甲状腺结节生长时，可通过左旋甲状腺素替代治疗抑制促甲状腺激素；对于碘正常摄入者，目前没有证据证实需进行促甲状腺激素抑制治疗，另外，中成药治疗甲状腺结节也没有相应的证据。
甲状腺结节治疗办法有外科手术和口服药物。
甲状腺结节首先要考虑进行颈部的弹性超声，看看有没有结节型的肿瘤。此外，还有就是有没有明确的结节型，还有就是有没有弹性分数。甲状腺结节边缘不明确，弹性得分大于4，可以做进一步的超声导向下的穿刺活检，也可以做进一步的手术。术后可以通过肉眼观察到的情况进行术中的快速冷冻和组织切片。如果是甲状腺结节，还要进行血液检查，检查有没有甲状腺功能亢进或者是甲状腺功能下降。甲亢、甲减可以通过口服药物进行调理。在用药过程中，还要注意对病人的甲状腺机能进行监测，防止用药过量导致病情恶化。
甲状腺炎是一种比较常见的甲状腺疾病，主要有以下症状：
急性化脓性甲状腺炎的主要症状有：甲状腺触痛、发热、白细胞升高、穿刺排出脓液、亚急性甲状腺炎等。患者在发病之前，一般有上感病史，随着吞咽的增加，疼痛会向颈后、耳后放射。
如果是慢性甲状腺炎，一般发病缓慢，甲状腺弥漫性肿大的情况比较严重，且患处质地坚硬，没有压痛，但会有结节存在，偶尔会出现吞咽不舒服的症状。