低位复杂性肛瘘的症状有肛门间歇性或持续性流脓。—般无疼痛感，仅觉肛门口坠胀或坠痛，当脓液引流通畅后肿痛马上减轻。有时可因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是在排便时疼痛加剧。
低位复杂肛瘘疾病容易复发，所以要注意坐时要让肛门处于悬空状态，便后用水清洗肛部，可以在医院买个电动肛门护理包，里面有肛部清洁器帮助便后清洗，肛部药浴盆放在马桶上熏蒸坐浴，坐姿时用肛部支撑垫帮助悬空伤口，促进水肿消退。
肛瘘复发的问题，肛瘘手术在肛肠科是比较常见的，有复发率的，如果是低位的肛瘘，一般复发率比较低，复发的问题，一般是以病人病情严重与否为主，其次是医生的技术有关系，如果是技术好一点的医生，复发率就低一些，如果是技术差一点的，那复发率就相对于高一点。
高位复杂性肛瘘术后复发率较高，早期挂线手术复发率约为20%-40%，国外切除瘘管保留括约肌术复发率约为20%。目前倾向于将瘘管全部切除，保留重要括约肌，手术复发率较低，约为1%-2%。认为高位复杂性肛瘘是难治性病，术后复发率较高，可能沿着肛门呈马蹄形，术前较难以明确其具体分支。常见高位复杂性肛瘘主要包括外口、内口，甚至可达到骨盆直肠窝。
复杂性肛瘘复发的原因考虑是支管清创不彻底等导致的，肛瘘一般是由三部分组成的，也就是内口、窦道、外口，组成简单的肛瘘，如果外口封闭，形成脓肿，积聚到一定程度就会从肛门其它地方破溃而出，这时候就相当于有一个内口，两个或两个以上的外口，这时候就称为复杂性的肛瘘。
复杂性肛瘘在肛肠科中是属于大手术的，由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。肿痛：一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。