低位复杂肛瘘疾病容易复发，所以要注意坐时要让肛门处于悬空状态，便后用水清洗肛部，可以在医院买个电动肛门护理包，里面有肛部清洁器帮助便后清洗，肛部药浴盆放在马桶上熏蒸坐浴，坐姿时用肛部支撑垫帮助悬空伤口，促进水肿消退。
—般无疼痛感，仅觉肛门口坠胀或坠痛，当脓液引流通畅后肿痛马上减轻。有时可因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是在排便时疼痛加剧。若外口暂时闭合，脓液积聚，可出现局部肿痛，并可伴发热，畏寒等全身症状；外口破溃脓水流出后，症状可迅速减轻或消失。
低位肛瘘情况可以引起肛门周围肿块经常溃破流出脓血，饮食清淡规律，忌辛辣刺激食物，注意休息不要长期久坐工作劳累，可以注意肛门清洁卫生，当地正规综合性医院肛肠外科肛检明确，进一步手术治疗肛瘘，术后一般复发率较低。
肛瘘复发的问题，肛瘘手术在肛肠科是比较常见的，有复发率的，如果是低位的肛瘘，一般复发率比较低，复发的问题，一般是以病人病情严重与否为主，其次是医生的技术有关系，如果是技术好一点的医生，复发率就低一些，如果是技术差一点的，那复发率就相对于高一点。
复杂性肛瘘在肛肠科中是属于大手术的，由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。肿痛：一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。
低位复杂肛瘘手术在手术过程中，需要提前进行麻醉处理，基本上不会感觉到任何的痛苦，但是在手术之前需要配合医生进行肠镜检查，这时候会感觉到一些痛苦，手术之后前三天基本上是最难受的时候，必要的时候可以口服一些止痛的药物，随后症状就会慢慢改善的。