复杂性肛瘘在肛肠科中是属于大手术的，由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。肿痛：一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。
肛肠科的疾病手术后，都是非常疼的，尤其是在换药的时候，疼痛比较剧烈的，疼痛也是与个体耐受力有关系的。术后注意避免久坐，定时换药。保持个人清洁卫生，养成定时排便的好习惯。
低位肛瘘手术可以门诊手术，术后7到10天左右可以恢复。术后恢复多久还要看伤口和采用手术的方法，饮食要多喝水，多吃水果蔬菜，香蕉，苹果，猕猴桃，火龙果，芹菜，菠菜，木耳，蘑菇，冬瓜等，少吃辛辣，海鲜，辣椒，牛羊肉等。排便时间不宜过长控制在3到5分钟即可，平时不宜久蹲久站久坐，排便后有温水清洗肛门。
低位肛瘘手术恢复需要一个月左右，因为肛门这个位置每天需要有大便排出，而且位置容易感染，所以恢复比较慢。需要有耐心，要保持大便通畅，软而不硬，才有利于术后恢复。平时以流质软食为主。术后养成定时排便的好习惯，比如每天早起饮用一杯温开水，然后去等5-10分钟厕所，这样坚持可以养成定时排便的好习惯。
低位肛瘘不会有危险。一旦确诊，可以去正规的公立医院肛肠科就诊，这种疾病一般通过口服和外用药物效果作用不大，容易反复的发作，必须通过手术才能够治好。手术以后要定期的更换药物，保持肛门的清洁干燥。
低位肛瘘是常见的肛周疾病，主要的治疗是手术治疗的，如果是不及时的治疗可致肛周反复的感染，甚至肿大胀痛及瘢痕化给后期的治疗有一定的困难，手术治疗后是看每个人发病史及病情严重程度及手术技术方式等而定。要一个月-两个月能好。